Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGAACTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctacttgttcttgttccttcaaattctttcatgctggtgaaacggaattgtttcttccattctatttggacaaagaactgctcacagatccactta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070218_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGAACTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctacttgttcttgttccttcaaattctttcatgctggtgaaacggaattgtttcttccat-tctatttggacaaagaactgctc---acagatccactta---
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||  |      | | || || |  |||||  |  | | |  ||| ||||     | | | |||  |     ||    ||   | ||   || | |   
GTTGGATGTGCCCTTGGACGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGGACTGCCTCCCGTCCTCTTCTAGATCAACCATCTGGTGATCCATACACAATGgtgactacttggcc------catgaatttatgccatgcatg-aatatgatattatttcagatgtatttttttaaatttttaatcagtcaatataggctcattcattc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358208|gb|DN225181.1|DN225181
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|50324617|gb|CO519743.1|CO519743
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211208197|gb|FL442563.1|FL442563
EST:     CTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCC-TTTCTTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
genomic: CTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTC-TAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
EST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|148966442|gb|EE017448.2|EE017448
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATTTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211063379|gb|FL406022.1|FL406022
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGC
EST: gi|211221229|gb|FL370915.1|FL370915
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGC
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGC
EST: gi|211387313|gb|FL389279.1|FL389279
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|86468677|gb|DY235047.1|DY235047
EST:     GATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: GATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
EST:     CTGCCTCTCGTCCTTTTTTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTTTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|78073864|gb|DV502298.1|DV502298
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATYTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTYTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
EST:     CTGCCTCTCGTCCTTTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTTTAAGCTCAGCATGCTTGCCCAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
EST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
EST:     CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATG                         GCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA
genomic: CTGCCTCTCGTCCTCTTCTGGACCAACCATCTGGTGATCCGTACGCAATGgtagctactt ... tctatgttagGCCTTTTCTAAGCTCAGCATGCTTGCACAGCAAAGGGGTGATGCTTATGCA