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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064302_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064302_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04510.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgta--acattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag
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CATTGCAAATCTTGCTGGAAACAAGACTCTCGTGCTGCCTGTACCCGCTTTCAATGTGATCAATGGAGGATCCCATGCTGGAAACAAACTTGCCATGCAGgtaaaatattgcttgaataacaagaccatgtcgatgcatgattcagtcatattctctgctcatttagctgctgtacag---

upper sequence: GRMZM2G064302_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G28100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaac-----tgttgtacaggag
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CATTGCCAATCTGGCTGGAAACAAGACTTTGGTACTGCCTGTACCTTCATTCAATGTTATCAATGGAGGCTCACATGCTGGAAATAAGCTAGCAATGCAGgtaatgtctattta-atataacaattgaacaggacaattctttattgaaaatttgaaatgcttaccctgggtcctcctctgtag

upper sequence: GRMZM2G064302_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G32960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag
||| || ||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||| ||| | || || || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||  |   || | | ||   ||||    |  ||    ||  | |  | |   |   |      ||  | || ||   
CATTGCTAATCTGGCTGGAAACAAGACTTTGGTACTACCTGTGCCTTCATTCAATGTTATCAATGGAGGCTCACATGCAGGAAATAAGCTAGCAATGCAGgtaatgtctgttta-atatagcaattgaataggacaattttttattgaaatacttaccctgggtcctcctctatag---

upper sequence: GRMZM2G064302_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv16s0022g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattc---cttgag---aaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag
||| || |||||||||||||||||||   | ||||| ||||||||||| || || || || |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| | |||      ||||      | ||||||||| | |      | |   |  | |   |  | ||   | | || |||||   
CATTGCTAATCTTGCTGGAAACAAAAAGTTAGTGCTGCCTGTACCTGCATTCAATGTTATCAATGGAGGTTCTCATGCTGGCAACAAACTAGCCATGCAGgttaaattaaagtctgagcttggttatgaatttttaa-tgtcctttgctgttgaaattcttattaatcccaatttt-tacag---

upper sequence: GRMZM2G064302_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: PP1S1_527V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag---------------------
||| || || || ||||| |||||     | ||| | || || |||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||    | | |   ||     ||   || |  | | | || |   | || |        || |    ||   |  ||                       
CATTGCCAACCTGGCTGGCAACAAGGAAATTGTGATGCCAGTGCCTGCCTTCAACGTGATCAATGGTGGATCTCATGCTGGCAACAAGCTCGCCATGCAGgtccgctccttcctgatcgtcgacaattagtatccctcctacttgtctaattatcaggtatctgggggtgcaatggggacgtaatgtgtttggacgagga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100819|gb|CF060779.1|CF060779
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgtacaggag-
EST: gi|33100819|gb|CF060779.1|CF060779
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgtacaggag-
EST: gi|33100819|gb|CF060779.1|CF060779
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgtacaggag-
EST: gi|33100819|gb|CF060779.1|CF060779
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|31359190|gb|CD443547.1|CD443547
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
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EST: gi|32910676|gb|CF015488.1|CF015488
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
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EST: gi|78107645|gb|DV526063.1|DV526063
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|78107645|gb|DV526063.1|DV526063
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|21331626|gb|BQ487007.1|BQ487007
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|21331626|gb|BQ487007.1|BQ487007
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|6626414|gb|AW257946.1|AW257946
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|6626414|gb|AW257946.1|AW257946
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|148986420|gb|EE030161.2|EE030161
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|148986420|gb|EE030161.2|EE030161
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EST: gi|67012265|gb|CO441014.1|CO441014
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
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EST: gi|149010075|gb|EE041882.2|EE041882
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EST: gi|31351789|gb|CD436146.1|CD436146
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|33101016|gb|CF060976.1|CF060976
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EST: gi|33101016|gb|CF060976.1|CF060976
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|33101016|gb|CF060976.1|CF060976
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|61117624|gb|DN558585.1|DN558585
EST:     TTAATGTGATTAAGGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
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EST: gi|5555512|gb|AI881463.1|AI881463
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|5555512|gb|AI881463.1|AI881463
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
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EST: gi|5555512|gb|AI881463.1|AI881463
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         G
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgtacaggag-
EST: gi|67024944|gb|CO453693.1|CO453693
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGC---AGgtaacattcc ... tgtacagg
EST: gi|9028626|gb|BE238666.1|BE238666
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGGAG                       
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RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 45

CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgtacaggagTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGAGTTGAGGTGTACCACAACCTGAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacaggag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT