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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G064302_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G064302_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04510.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgta--acattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag
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CATTGCAAATCTTGCTGGAAACAAGACTCTCGTGCTGCCTGTACCCGCTTTCAATGTGATCAATGGAGGATCCCATGCTGGAAACAAACTTGCCATGCAGgtaaaatattgcttgaataacaagaccatgtcgatgcatgattcagtcatattctctgctcatttagctgctgtacag

upper sequence: GRMZM2G064302_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA09G28100.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag--------
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CATTGCCAATCTGGCTGGAAACAAGACTTTGGTACTGCCTGTACCTTCATTCAATGTTATCAATGGAGGCTCACATGCTGGAAATAAGCTAGCAATGCAGgtaatgtctattta-atataacaattgaacaggacaattctttattgaaaatttgaaatgcttaccctgggtcctcctctgtag

upper sequence: GRMZM2G064302_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G32960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag
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CATTGCTAATCTGGCTGGAAACAAGACTTTGGTACTACCTGTGCCTTCATTCAATGTTATCAATGGAGGCTCACATGCAGGAAATAAGCTAGCAATGCAGgtaatgtctgttta-atatagcaattgaataggacaattttttattgaaatacttaccctgggtcctcctctatag

upper sequence: GRMZM2G064302_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv16s0022g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattc---cttgag---aaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag
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CATTGCTAATCTTGCTGGAAACAAAAAGTTAGTGCTGCCTGTACCTGCATTCAATGTTATCAATGGAGGTTCTCATGCTGGCAACAAACTAGCCATGCAGgttaaattaaagtctgagcttggttatgaatttttaa-tgtcctttgctgttgaaattcttattaatcccaatttt-tacag

upper sequence: GRMZM2G064302_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: PP1S1_527V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag------------------------
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CATTGCCAACCTGGCTGGCAACAAGGAAATTGTGATGCCAGTGCCTGCCTTCAACGTGATCAATGGTGGATCTCATGCTGGCAACAAGCTCGCCATGCAGgtccgctccttcctgatcgtcgacaattagtatccctcctacttgtctaattatcaggtatctgggggtgcaatggggacgtaatgtgtttggacgagga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31355773|gb|CD440130.1|CD440130
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31354199|gb|CD438556.1|CD438556
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|33101954|gb|CF061914.1|CF061914
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|148946585|gb|EC890118.2|EC890118
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|61117624|gb|DN558585.1|DN558585
EST:     TTAATGTGATTAAGGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTTAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67024719|gb|CO453468.1|CO453468
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67017386|gb|CO446135.1|CO446135
EST:     AACGTGATTAATGGAGGGTCACATGGCTGGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: AACGTGATTAATGGAGGGTCACAT-GCT-GGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67013116|gb|CO441865.1|CO441865
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31349718|gb|CD434075.1|CD434075
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACTTCCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|33101714|gb|CF061674.1|CF061674
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67012265|gb|CO441014.1|CO441014
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67024944|gb|CO453693.1|CO453693
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31358889|gb|CD443246.1|CD443246
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|148986420|gb|EE030161.2|EE030161
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|87152414|gb|DY397203.1|DY397203
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|211023765|gb|FL452149.1|FL452149
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31364425|gb|CD448780.1|CD448780
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67018586|gb|CO447335.1|CO447335
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67016127|gb|CO444876.1|CO444876
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|9028626|gb|BE238666.1|BE238666
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|37385854|gb|CF630092.1|CF630092
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67024424|gb|CO453173.1|CO453173
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31362399|gb|CD446756.1|CD446756
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67019052|gb|CO447801.1|CO447801
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31355712|gb|CD440069.1|CD440069
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31353289|gb|CD437646.1|CD437646
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67016019|gb|CO444768.1|CO444768
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|32910676|gb|CF015488.1|CF015488
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|21760297|gb|BQ635838.1|BQ635838
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67015460|gb|CO444209.1|CO444209
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|31353228|gb|CD437585.1|CD437585
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67013023|gb|CO441772.1|CO441772
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|33101016|gb|CF060976.1|CF060976
EST:     TTAATGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|67026148|gb|CO454897.1|CO454897
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTCAAGGAGGCCATGAAG
EST: gi|148936670|gb|EC880797.2|EC880797
EST:     TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTTNCA-GGAGGCCATGAA
genomic: TTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattcc ... tgttgtacagGAGTTCATGATCCTCCCAACTGGTGCCTCCTCGTT-CAAGGAGGCCATGAA
EST: gi|19822768|gb|BQ048792.1|BQ048792
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATCGCAAATCTTGCTGGAAACAAAACTCTGGTGCTCCCTGTACCTGCCTTTAACGTGATTAATGGAGGGTCACATGCTGGAAACAAGCTTGCCATGCAGgtaacattccttgagaaatctgaatttttgactacgtgcttcgactatactctctgatcatttaactgttgtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT