Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataactcattcttttcttctcgcaaccttactgatcagggctcttgtgaaccaaaccctcacatatccttcttgtggcattgaaataaatgcaaatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060564_T03
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149095487|gb|EE181140.2|EE181140
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|76284637|gb|DV024205.1|DV024205
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71330287|gb|DR801905.1|DR801905
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71768464|gb|DR966401.1|DR966401
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|74245152|gb|DT653066.1|DT653066
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|149089290|gb|EE178503.2|EE178503
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|74234235|gb|DT642149.1|DT642149
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71449020|gb|DR830070.1|DR830070
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|26456824|gb|CA828407.1|CA828407
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71321160|gb|DR797280.1|DR797280
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|20512803|gb|BQ280001.1|BQ280001
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGCCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|148949975|gb|EC895492.2|EC895492
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71315575|gb|DR794393.1|DR794393
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAAGT-CAGCCCACA
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAA-GTTCAGCCCACA
EST: gi|78107038|gb|DV525456.1|DV525456
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|50337111|gb|CO532237.1|CO532237
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|74246183|gb|DT654097.1|DT654097
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71447386|gb|DR828436.1|DR828436
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|76014988|gb|DT942158.1|DT942158
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71311330|gb|DR791989.1|DR791989
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|101399172|gb|EB821460.1|EB821460
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|148937865|gb|EC882083.2|EC882083
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|71312763|gb|DR792909.1|DR792909
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|74234234|gb|DT642148.1|DT642148
EST:     CATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|148953515|gb|EE153023.2|EE153023
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|78078643|gb|DV507055.1|DV507055
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|91048377|gb|EB158795.1|EB158795
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
EST: gi|50336576|gb|CO531702.1|CO531702
EST:     CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAG                         ACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG
genomic: CTGGACGGTTTGTGCATGTATGCAGgtatataact ... gcaaatgcagACGCAGCACAAAGTCGAAATGGACAAGAGGGATGGAAAGTTCAGCCCACAG