Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACTACTACTTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatttgctttctttattcctctgatctgcccagatatttctggaaacttttgcagcttttagtcatgtataagcatgctattaacgatatcctg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057408_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71428976|gb|DR810026.1|DR810026
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|78118281|gb|DV536668.1|DV536668
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|148939135|gb|EC883572.2|EC883572
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|60336979|gb|DN203952.1|DN203952
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|91876491|gb|EB406448.1|EB406448
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGGCCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|60397572|gb|DN230388.1|DN230388
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|50322593|gb|CO517719.1|CO517719
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATTT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|110220916|gb|EC902814.1|EC902814
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT
EST: gi|71763063|gb|DR961000.1|DR961000
EST:     TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACAT                         CGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGGCCATGTCAAATTT
genomic: TTATGAGGAATCTTTCCATGAACCTTAGGAGTCCCGACTTTGAGCAACATgtaagttatt ... ctgattgcagCGGAGGTTGCTATCATCATATAGCTATGGTGGCGCGGACCATGTCAAATCT