1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GACATGACTAAAGTCTCAAGTCATTTTGTTCGTGGAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttttggtcttaacaaataagttgacgtagtgtgatactctaatcctttttgttgtgatatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G048804_T02 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|33771157|gb|CF272818.1|CF272818
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|94472950|gb|EB701908.1|EB701908
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|71773197|gb|DR971110.1|DR971110
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAAATGATACCTGCA-TTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|113704317|gb|EE681821.1|EE681821
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATAC-TGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|37379196|gb|CF626330.1|CF626330
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: CTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|71773196|gb|DR971109.1|DR971109
genomic: CTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|74236760|gb|DT644674.1|DT644674
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|211155842|gb|FL114458.1|FL114458
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAGCTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|32911197|gb|CF016009.1|CF016009
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|31349428|gb|CD433785.1|CD433785
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGNCA-TTGCACGTGGGGTCCTAATEST: gi|32850448|gb|CD990129.1|CD990129
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTG-CAATTGCACGTGGGGTCCTAAT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGCCCTAATGTEST: gi|74236761|gb|DT644675.1|DT644675
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTG-TTACCCTGGTGAAGATGATACTGCAATTGCACGTGGGGTCCTAATGT
EST: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAG TGTTACCCTGGTGAAGATGATACTGNCA-TTGCACGTGGGGTCC
genomic: GAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttt ... tgatatgcagTGTTACCCTGGTGAAGATGATACTG-CAATTGCACGTGGGGTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACATGACTAAAGTCTCAAGTCATTTTGTTCGTGGAAATGATCCAAAAAAGTTCGCTTCTATGCTGGTGAACTTTATGGGCAAGgtagcggttttggtcttaacaaataagttgacgtagtgtgatactctaatcctttttgttgtgatatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG