Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T03
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttg-cacaaagtttcctctacatgggtgctctgttg--ctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt--
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||| || || ||| ||     | | |   || | |  |   ||  | ||||| ||| || | |||||    |    | ||  | |  | || ||||  | ||  
TGCCAAGTCGAACTACATGTCAGCTGGTCAGATAAACGTTCCTATTGTTTTTAGAGGGCCAAACGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGTGCTCAGCACTCTCAGgtttgtgacagaaacttgttaatgcctatctgttattctattctattattattgtttggacggcaaataacca----atatt-tgtggtgttttgaacattttgc

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA02G46380.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttt-tgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgtt-atgccacatgatttaattttctgaaagtctt-----------
 || || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| || || || || || |  | | |  || | | |     |     |    ||  |     ||||    |   || ||||  || | |   | |  ||  ||   |   || | |            
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTGCCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCCGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtatggttctcctagctgctttcttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggtttcgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgt----ttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt------------
 || || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| || || || || ||    || | |     | || || |  |  |     || |   |     ||||    |   || ||||  ||  |        |||   |  |  | |   ||            
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttattta--actatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA14G02380.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttt-tgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgtt-atgccacatgatttaattttctgaaagtctt-----------
 || || || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| || || || || ||    | | |  || | | |     |     |    ||  |      |||    |   || ||||  || | |   | |  ||  ||   |   || | ||           
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCGGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctcctagctgctttcttttaaagacaaactttatttaaccatttgagaactgataaataattcaggtttcgtctttgtatgcccaacaacttttcctttatgcag

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccaca-tgattta-attttctgaaagtctt-
||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  ||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||    || ||           |  ||  |  | |||| ||  ||   |  || | | || |  ||    | | | | ||||  | || |||  | ||  |  
TGCAAAGTCAAATTACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctcac--ccaaaaaaaattgaataatttgttact-ttgcattctttcaaaagagaccttcagctactaaactgataaagatattcatataggatga

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv17s0000g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgt-tgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt
||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |  |  |||| | |     | |    |  | | |  | |  ||  ||  | ||  |      |  || |  |     |  |  | | || |   ||  
TGCAAAGTCAAACTATATGTCTGCTGGTCAGATATCTGTGCCAATTGTTTTCAGAGGGCCAAATGGGGCTGCTGCAGGAGTTGGTGCCCAGCATTCTCAGgtgta-gtccaaattctgtctgatacttattgtttatgcgattttgccatcatatatggttagtctccttctaaccttctagatgctctgcttattttccc

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgttt-ttgcacaaagtttcctct---acatgggtgctctgttgctgct-gttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt
||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    | |   | |||| ||||   || |||   ||   |||   |  | | |||| || | ||      ||  |||         | ||    | |       
TGCAAAATCAAACTACATGTCCGCTGGTCAGATATCCGTACCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGTGCTGCCGCTGGAGTTGGTGCCCAGCACTCCCAGgtacactccctgaggttttctcttgcacctggtgacttgtttgtcaccagcttttctctatatgatgc-ccgtggtgctgatctggatcataacataatga----

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ13549 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggt--gctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt
 || ||| |  |||| ||||| |  ||||| ||| ||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||    ||      | |  ||| |  | ||  ||||  ||  |  | | ||  || ||                                            
AGCAAAGACATACTATATGTCCGGAGGGCAAATAGCTGTTCCCATTGTATTCCGGGGTCCCAATGGTGCAGCTGCCGGTGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtgagcgc------tctgttctgcgagagttggctccatttttattttcatctttcag--------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ19158 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggt--gctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt
 || ||| |  |||| ||||| |  ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||    ||      | |  ||| |  | ||  ||||  ||  |  | | || ||||                                              
AGCAAAGACATACTATATGTCCGGAGGGCAAATATCTGTTCCCATTGTATTTCGGGGTCCCAATGGTGCAGCTGCCGGTGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtgagcgc------tctgttctgcgagagttggctccatttttattttcatcctttcag-------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112130|gb|EE191255.2|EE191255
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211087670|gb|FL396337.1|FL396337
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211325794|gb|FL399616.1|FL399616
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|71432759|gb|DR813809.1|DR813809
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|71310907|gb|DR791756.1|DR791756
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211063939|gb|FL426137.1|FL426137
EST:     TAGGGGTCCNAATGGTGCTGCTGTTCGGAGT-GGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATG
genomic: TAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCT-GGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATG
EST: gi|31355375|gb|CD439732.1|CD439732
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|76282096|gb|DV021664.1|DV021664
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211395332|gb|FL395257.1|FL395257
EST:     TAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGANGT-GGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCT-GGNTATGCACATGTTCCCCGGATTGAA
genomic: TAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGA-GTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGG-TATGCACATGTTCCC-GGATTGAA
EST: gi|211454584|gb|FL410342.1|FL410342
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149008831|gb|EE041037.2|EE041037
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|22473034|gb|BU037529.1|BU037529
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|50323851|gb|CO518977.1|CO518977
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|50338477|gb|CO533603.1|CO533603
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148962973|gb|EE013917.2|EE013917
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148957039|gb|EC902998.2|EC902998
EST:     TAGGGGGTC-AAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAACTTTGGTATGCACCTGTTCCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTC
genomic: TAGGGG-TCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTT-GGTATGCACATGTTCCC-GGATTGAAAGTTCTAGCTC
EST: gi|149083342|gb|EE172638.2|EE172638
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|78112129|gb|DV530525.1|DV530525
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCC
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGC-AGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCC
EST: gi|148986266|gb|EE029999.2|EE029999
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|18964295|gb|BM660923.1|BM660923
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211493595|gb|FL394896.1|FL394896
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149083993|gb|EE173384.2|EE173384
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149008355|gb|EE040508.2|EE040508
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149080209|gb|EE169232.2|EE169232
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|78092119|gb|DV520493.1|DV520493
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|71431246|gb|DR812296.1|DR812296
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149060161|gb|EE157129.2|EE157129
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148995150|gb|EE034430.2|EE034430
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|71316612|gb|DR794981.1|DR794981
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|60672217|gb|DN474985.1|DN474985
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|31354921|gb|CD439278.1|CD439278
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|14206753|gb|BG840431.1|BG840431
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211231538|gb|FL370980.1|FL370980
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|8367560|gb|BE050505.1|BE050505
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148945013|gb|EC890191.2|EC890191
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148933048|gb|EE285947.2|EE285947
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|148936258|gb|EC880337.2|EC880337
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|50338853|gb|CO533979.1|CO533979
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|50322511|gb|CO517637.1|CO517637
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211275651|gb|FL423569.1|FL423569
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCC
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTT-GGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCC
EST: gi|71442750|gb|DR823800.1|DR823800
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211126332|gb|FL371833.1|FL371833
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|93017393|gb|EB642913.1|EB642913
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|149097247|gb|EE183065.2|EE183065
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|93281968|gb|EB674232.1|EB674232
EST:     TTAGGGGTCCCAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCCACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAG
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAG
EST: gi|213187914|gb|FM182663.1|FM182663
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTATGCACATGTTCCCGGATTGAAAGTTCTAGCTCCA
EST: gi|211311674|gb|FL419261.1|FL419261
EST:     TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAG                         TGCTATGCAGCTTGGTA
genomic: TTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcac ... tagtatgcagTGCTATGCAGCTTGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgtttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA