1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ACAAGTGCTTCTCTGAAATTCACGGTACTGAACCCAAAAGGACGCATCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G034083_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67023264|gb|CO452013.1|CO452013
genomic: CAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|40303556|gb|CK347943.1|CK347943
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|31357444|gb|CD441801.1|CD441801
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67013475|gb|CO442224.1|CO442224
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|211020101|gb|FL063974.1|FL063974
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|16927003|gb|BM080076.1|BM080076
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|18964714|gb|BM661164.1|BM661164
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|60353107|gb|DN220080.1|DN220080
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|18964715|gb|BM661165.1|BM661165
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|22490798|gb|BU050721.1|BU050721
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67025367|gb|CO454116.1|CO454116
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|6020543|gb|AW065471.1|AW065471
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|5819356|gb|AI987562.1|AI987562
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67010398|gb|CO439147.1|CO439147
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATG-TTGCAAGTGGTGGTGCTAGTGTC-TATACGCANACACT GGTGGGTGATT-GGGATATGCTTCNGAGCTAGGAAATTAEST: gi|7238111|gb|AW573333.1|AW573333
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGG-TGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTA
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|44901489|gb|CK828034.1|CK828034
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGTACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|149008522|gb|EE040695.2|EE040695
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|19058295|gb|BM736962.1|BM736962
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGCCAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTCCAGTEST: gi|24768435|gb|CA403564.1|CA403564
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|78103680|gb|DV522108.1|DV522108
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|31353311|gb|CD437668.1|CD437668
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|13150060|gb|BG320382.1|BG320382
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|87156899|gb|DY401688.1|DY401688
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: GCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|37400570|gb|CF637640.1|CF637640
genomic: GCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|32919518|gb|CF024330.1|CF024330
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|31354936|gb|CD439293.1|CD439293
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|32866831|gb|CF006513.1|CF006513
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: GGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|60339101|gb|DN206074.1|DN206074
genomic: GGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|19057819|gb|BM736486.1|BM736486
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|84980549|gb|DW530898.1|DW530898
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|87151765|gb|DY396554.1|DY396554
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67042517|gb|CO468772.1|CO468772
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|32859101|gb|CD998782.1|CD998782
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGEST: gi|67022701|gb|CO451450.1|CO451450
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAG
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|149000524|gb|EE037707.2|EE037707
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|60350340|gb|DN217313.1|DN217313
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|14245199|gb|BG873781.1|BG873781
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: ACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|89763369|gb|DY690597.1|DY690597
genomic: ACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: CATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGTTTCGGAGCTAGGAAATTATTCAGAGTACAGTEST: gi|37401585|gb|CF638160.1|CF638160
genomic: CATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|211219075|gb|FL476018.1|FL476018
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: GTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTEST: gi|67016541|gb|CO445290.1|CO445290
genomic: GTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
EST: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACT GTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
genomic: TCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctga ... tgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACAAGTGCTTCTCTGAAATTCACGGTACTGAACCCAAAAGGACGCATCTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATACGCAGACACTgtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG