Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGGTTATTGAGCCATGCTTGCTTCATGGTGATCTGTGGAGCGGAAACATAAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaactgactgattttagtatccgaattcaggatcatgggtagtggttgcaaaaggatgaatttacatgtctctttccagtaattttcatcgag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030299_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030299_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g02640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GCGGTTATTGAGCCATGCTTGCTTCATGGTGATCTGTGGAGCGGAAACATAAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaactgactgattttagtatccgaattcaggatcatgggtagtggttgcaaaaggatgaatttac---atgtctctttccagtaattttcatcgag
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||| ||||| | | | || |  | || ||  | | ||| | ||||| ||  | ||| ||  | ||    |||    |    | ||||| | | |     |    
GCTGTTATGGAGCCATGCTTGCTTCATGGGGATCTATGGAGTGGAAACATAAGTTCTGATACTAATGGTGAACCTGTTATATTGGACCCAGCTTGCTACTgtgagtaatattcattgttccttgtttcgaattccagaaccatggttatggattggaatggtattttcttaatgaagaagtatttcctggagtacatttt---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60337252|gb|DN204225.1|DN204225
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|76283912|gb|DV023480.1|DV023480
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|149108778|gb|EE189830.2|EE189830
EST:     AAGCTTTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|60348350|gb|DN215323.1|DN215323
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|76288116|gb|DV027684.1|DV027684
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|78544199|gb|DV621697.1|DV621697
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|211523349|gb|FL468083.1|FL468083
EST:     AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
EST: gi|76283911|gb|DV023479.1|DV023479
EST:     AAGCTTTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACT                         ATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG
genomic: AAGCTCTGATAGCAATGGGGATCCTGTAATATTGGATCCTGCTTGCTACTgtaagtaaaa ... tcaactgcagATGGACACAACGAGGCAGAGTTTGGGATGTCCTGGTGTGCTGGATTTGGTG