Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATAGGGCTCCAGAGCTCATATTTGGTGCCACTGAGTATACCACAGCGATTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtctcaaatttttattgccattttaaaaaaggttttcaagccaacaaggtcctttcagttcacactgtcttacaagaactatttggacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024151_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os01g14860.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CTATAGGGCTCCAGAGCTCATATTTGGTGCCACTGAGTATACCACAGCGATTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtctcaaatttttattgccattttaaaaaaggttttcaa--gccaacaaggtcctttcagttcacac-----tgtcttacaagaactatttg---gacag
|||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | ||  | ||| | |   ||||||    ||| || |      ||| |  || |  |   ||  |        || |||||||    | | ||   |||||
CTATAGGGCTCCGGAGCTCATATTTGGTGCCACCGAATACACTACAGCTATTGACATCTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAACTTATGTTAGGGCAGgtaag-cggctggattttctttgcacattttggggaagtttgttgtttaccaccctggactctattgtcgaagtcggtatgccttacaattgttttctgttcgacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60337200|gb|DN204173.1|DN204173
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|32837926|gb|CD977604.1|CD977604
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|211165156|gb|FL324133.1|FL324133
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGAC-AACTT
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTT
EST: gi|60349350|gb|DN216323.1|DN216323
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60340745|gb|DN207718.1|DN207718
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117968|gb|DN558929.1|DN558929
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|211161694|gb|FL418712.1|FL418712
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117965|gb|DN558926.1|DN558926
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60395743|gb|DN228613.1|DN228613
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|32838828|gb|CD978509.1|CD978509
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60338887|gb|DN205860.1|DN205860
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|61117966|gb|DN558927.1|DN558927
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTCGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60394497|gb|DN227367.1|DN227367
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|33097248|gb|CF057208.1|CF057208
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGTTGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60349962|gb|DN216935.1|DN216935
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAA
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
EST: gi|60346367|gb|DN213340.1|DN213340
EST:     TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAG                         CCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG
genomic: TTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtc ... atttggacagCCTTTGTTTCCGGGTGAAAGTGGTGTGGACCAACTTGTTGAAATCATCAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATAGGGCTCCAGAGCTCATATTTGGTGCCACTGAGTATACCACAGCGATTGACATTTGGTCTGCTGGATGTGTTCTTGCTGAGCTTATGCTAGGGCAGgtaaggtgtctcaaatttttattgccattttaaaaaaggttttcaagccaacaaggtcctttcagttcacactgtcttacaagaactatttggacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT