Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcaccacttagtatatatagtatttcttgaattgaaaagagcttttctttccttttttcacaagttaccgattgtccgttggagacatagtgcaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcaccacttagtatatatagtatttcttgaattgaaaagagcttttctttccttttttcacaagtta--ccgattgtccgttggagacatagtgcaaa--
|||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |    | ||  || || | |||||    ||||| |  ||     |||| | |    | | |   |     | | | |   |  ||    |   ||| |  
GTTTCTTGACACAGCTGGACTGAAAAAGTCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGTATTCTGATGTTCGTTGCATGGCTGgtaagtgaaatttcttacatgttgtatt----gaattaagtagcagccttctataccaagtgctctgttccgtacaaatataaatgtgaagtttcaagcataat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37375483|gb|CF624180.1|CF624180
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|211033261|gb|FL440337.1|FL440337
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6465580|gb|AW191175.1|AW191175
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|12972667|gb|BG268096.1|BG268096
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATGCTATTTGCA
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACAT-CTATTTGCA
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6526808|gb|AW216077.1|AW216077
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGGTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|32910942|gb|CF015754.1|CF015754
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTTATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6466756|gb|AW191416.1|AW191416
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|37391506|gb|CF632996.1|CF632996
EST:     ATCAAGTGCTTAC-TGGTTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: ATCAAGTGCTTACTTGG-TTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|71760532|gb|DR958469.1|DR958469
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|148953652|gb|EC899011.2|EC899011
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|50338097|gb|CO533223.1|CO533223
EST:     GATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: GATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|83279176|gb|DV943184.1|DV943184
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|76293603|gb|DV033171.1|DV033171
EST:     AATCA-GTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: A-TCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|50322745|gb|CO517871.1|CO517871
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|76293602|gb|DV033170.1|DV033170
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|148947019|gb|EC892316.2|EC892316
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|148953653|gb|EC899012.2|EC899012
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|67017667|gb|CO446416.1|CO446416
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT