Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcaccacttagtatatatagtatttcttgaattgaaaagagcttttctttccttttttcacaagttaccgattgtccgttggagacatagtgcaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T01
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcaccacttagtatatatagtatttcttgaattgaaaagagcttttctttccttttttcacaagtta--ccgattgtccgttggagacatagtgcaaa--
|||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |    | ||  || || | |||||    ||||| |  ||     |||| | |    | | |   |     | | | |   |  ||    |   ||| |  
GTTTCTTGACACAGCTGGACTGAAAAAGTCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGTATTCTGATGTTCGTTGCATGGCTGgtaagtgaaatttcttacatgttgtatt----gaattaagtagcagccttctataccaagtgctctgttccgtacaaatataaatgtgaagtttcaagcataat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37375483|gb|CF624180.1|CF624180
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|211033261|gb|FL440337.1|FL440337
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6465580|gb|AW191175.1|AW191175
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|12972667|gb|BG268096.1|BG268096
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATGCTATTTGCA
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACAT-CTATTTGCA
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6526808|gb|AW216077.1|AW216077
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGGTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|37391506|gb|CF632996.1|CF632996
EST:     ATCAAGTGCTTAC-TGGTTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: ATCAAGTGCTTACTTGG-TTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|32910942|gb|CF015754.1|CF015754
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTTATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|6466756|gb|AW191416.1|AW191416
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|71760532|gb|DR958469.1|DR958469
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|148953652|gb|EC899011.2|EC899011
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|50338097|gb|CO533223.1|CO533223
EST:     GATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: GATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|83279176|gb|DV943184.1|DV943184
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|50322745|gb|CO517871.1|CO517871
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|76293602|gb|DV033170.1|DV033170
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTG                         GTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT
genomic: AATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 144

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 64

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 66

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 147

GTTTCTTGACACTGCTGGACTGAAGAAATCAAGTGCTTACTTGGTTAATGGAATTCTGATGTTTGTTGCATGGCTGgtatgcacca ... tttccttcagGTGGCAAGGATATTTTTGTTCATGTATGTATTTTACCACATCTATTTGCATTACGGTCAG