1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgtagttcctcctagctaacatatcttactatgaagtatcttagtgtaactatatagtgtctgattagttgctcgcattatggtagccttcata...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011893_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGEST: gi|60352045|gb|DN219018.1|DN219018
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|78179760|gb|DV550133.1|DV550133
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|60393994|gb|DN226864.1|DN226864
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|211290372|gb|FL395524.1|FL395524
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|60348982|gb|DN215955.1|DN215955
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|8577165|gb|BE129802.1|BE129802
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|78122303|gb|DV540687.1|DV540687
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|60352117|gb|DN219090.1|DN219090
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|71428221|gb|DR809271.1|DR809271
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTTTGGGCAAATGTTTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|60350066|gb|DN217039.1|DN217039
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|211236233|gb|FL280786.1|FL280786
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGGCCTAGTGGTGGGTTGEST: gi|211236235|gb|FL280788.1|FL280788
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGG-CCTAGTGGTGGGTTG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAAGTGGTGGGTTGEST: gi|12047218|gb|BF729357.1|BF729357
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTA-GTGGTGGGTTG
EST: TGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|60357511|gb|DN224484.1|DN224484
genomic: TGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGGEST: gi|211246375|gb|FL451973.1|FL451973
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
EST: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAG ACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGTGTTGG
genomic: TTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgta ... tgatacgcagACAGATTGCATAGCTAGAGTGTCCCCTGAAGATGGCCTAGTGGTGGGTTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCATGAAAGTGGTGACTGTCAAGTATCACGGTAATCAAGTCCCCTATCTTAATGAGCTGGAATATATAGATGGTGAAGTCTGGGCAAATGTCTGGCAGgttagatgtagttcctcctagctaacatatcttactatgaagtatcttagtgtaactatatagtgtctgattagttgctcgcattatggtagccttcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA