Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACATTGCTGTCAACTTCCTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgcatctttaattcatagatttgtttttttccccatccattccttgcaagccctacactaaaaatggatggctgtgtcctgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011364_T03
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71434095|gb|DR815145.1|DR815145
EST:     TTCGACTCTTCTGCAAGGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: TTCGACTCTTCTGCAA-GGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|5871274|gb|AW017745.1|AW017745
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|110219160|gb|EC901058.1|EC901058
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|211396348|gb|FL437335.1|FL437335
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|76287185|gb|DV026753.1|DV026753
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|78081363|gb|DV509775.1|DV509775
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|84977010|gb|DW475432.1|DW475432
EST:     CTACGACTCTTCCGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|78083928|gb|DV512321.1|DV512321
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|149070572|gb|EE158978.2|EE158978
EST:     CTTCGACTTTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|71595876|gb|DR906627.1|DR906627
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|149096645|gb|EE182410.2|EE182410
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
EST: gi|86469466|gb|DY235836.1|DY235836
EST:     CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATG                         GAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT
genomic: CTTCGACTCTTCTGCAAGGGTGACATCTGTTGGGTCTCCAAAGAGTAATGgtacgttgca ... gtcctgacagGAACAAGCATATGGCCCATGCTACTAGTTGTTATTCTTGCAATTTTGGTGT