Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACACACACATCGCACTTGCTTTTGAGGTGCCAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgccttacaactgtttaaatgatctaactatttatggatacttgaggccatttgttctatattagaattgctgatgctttcttttttggaacttatc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005036_T02
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005036_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g44916.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AACACACACATCGCACTTGCTTTTGAGGTGCCAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgccttacaac-tgtttaaatgatctaactatttatggatacttgaggccatttgtt---------ctatattagaattgctga--tgctttcttttttggaacttatc-------------------------------------------------------
|  |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| || ||||| || ||||||||| ||    |     | ||||         ||||||  |||||| ||   |  ||  | ||||    | |  |                                                       
AGTACACACATTGCACTTGCCTTTGAGGTTCCAGGTGGCTGGCGTCAAGAGAAAACTGCAATGATTGTGACTGTGCTTCAGgtatgcctaacaatatgttgaagtgatccaattatttatggctaacctatatggtctgttgattctgtactatataggaattgatggattatttcatattttattgcgttgcaagctctattattcaaatctattgtactgaaacataagattaatataaattgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89761459|gb|DY689465.1|DY689465
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|40333865|gb|CK367935.1|CK367935
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|89758987|gb|DY687957.1|DY687957
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|71438038|gb|DR819088.1|DR819088
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|32863948|gb|CF003630.1|CF003630
EST:     GGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: GGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|40336960|gb|CK371030.1|CK371030
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|30031572|gb|CB833423.1|CB833423
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
EST: gi|211246196|gb|FL443898.1|FL443898
EST:     CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAG                         ATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA
genomic: CAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgcctta ... ttgtctgtagATGCTCATGGGAGGAGGAGGGTCCTTCTCTGCTGGTGGGCCTGGAAAGGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACACACACATCGCACTTGCTTTTGAGGTGCCAGGTGGTTGGAATCAAGAGAAAACTGCAATGGTTGTGACAGTGCTTCAGgtatgccttacaactgtttaaatgatctaactatttatggatacttgaggccatttgttctatattagaattgctgatgctttcttttttggaacttatc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA