1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtcctctggccctcaattaactatccctttgtttgtgttcatttcccttttgtggaagtgtagtcaaacattgtttcttgtttgccctactga...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G000510_T04 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|78109061|gb|DV527478.1|DV527478
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|76291091|gb|DV030659.1|DV030659
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|211234202|gb|FK951230.1|FK951230
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|12045964|gb|BF727999.1|BF727999
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGGEST: gi|149110174|gb|EE293989.2|EE293989
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGEST: gi|71332542|gb|DR803240.1|DR803240
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTG
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTCTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|76911479|gb|DV164289.1|DV164289
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GT-AAGGTCGAGAATGEST: gi|76292714|gb|DV032282.1|DV032282
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAG-TCGAGAATG
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|71758598|gb|DR956535.1|DR956535
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCGGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|76292715|gb|DV032283.1|DV032283
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATEST: gi|211425383|gb|FL463585.1|FL463585
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGAT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|71437614|gb|DR818664.1|DR818664
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTAACAAA-GCACTCTCGATTGEST: gi|110210924|gb|EC892821.1|EC892821
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTA-CAAAAGCACTCTCGATTG
EST: TTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|6827024|gb|AW330667.1|AW330667
genomic: TTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGCTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|6501109|gb|AW202482.1|AW202482
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|76294190|gb|DV033758.1|DV033758
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGT-CCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGEST: gi|71758726|gb|DR956663.1|DR956663
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCG
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|4886008|gb|AI677128.1|AI677128
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|148954532|gb|EC899968.2|EC899968
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGAEST: gi|71332543|gb|DR803241.1|DR803241
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGA
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTCTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|211234201|gb|FK951229.1|FK951229
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: CCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTEST: gi|149014447|gb|EE044057.2|EE044057
genomic: CCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACEST: gi|31363588|gb|CD447945.1|CD447945
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTAC
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTEST: gi|71447490|gb|DR828540.1|DR828540
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACT
EST: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtcctctggccctcaattaactatccctttgtttgtgttcatttcccttttgtggaagtgtagtcaaacattgtttcttgtttgccctactga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT