1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTCAGCCACAGGAACTGATCCAAATGCTTCCAATCCTCCTGTTTGGCCTGCGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacattcatttaaatctgcatgttttagttacatgatttcttttgctgcactgatcaaagataagatacattttcgaaaagcaaagcgagtaagcg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G808775_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|71765796|gb|DR963733.1|DR963733
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAN GCTGCATATCCTGCAEST: gi|31405539|gb|CD484271.1|CD484271
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCA
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|24769068|gb|CA404197.1|CA404197
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: ATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|60400693|gb|DN233500.1|DN233500
genomic: ATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|71765795|gb|DR963732.1|DR963732
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|78026641|gb|DV495028.1|DV495028
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|113702536|gb|EE680040.1|EE680040
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|5058597|gb|AI737073.1|AI737073
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|50334965|gb|CO530091.1|CO530091
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|31405540|gb|CD484272.1|CD484272
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAGEST: gi|76291475|gb|DV031043.1|DV031043
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
EST: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAG GCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
genomic: CGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacatt ... tgcattgtagGCTGCATATCCTGCATATGGAACTTATGACTACAGCCATCAAATGCCACAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCAGCCACAGGAACTGATCCAAATGCTTCCAATCCTCCTGTTTGGCCTGCGACTTCTGAAACATCTGGACATCAATGGGGAGCTTCTTATGCTCAGCAGgtcaaacattcatttaaatctgcatgttttagttacatgatttcttttgctgcactgatcaaagataagatacattttcgaaaagcaaagcgagtaagcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagcaa