Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgtgaatatcctgatgcagcaggacgaccaccatttgttatgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G800734_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g33810.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
-------GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgtgaatatcc----tgatg--cagcaggacgaccaccatttgttatgt-
       ||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| | ||| |  |   | |  ||  |||||  || ||  ||||   |   |||  | || |        ||   ||   ||  || |    | |||| |   
TCAACAGGGTCTGAAGAAAGCTTTAGAGGATGGAGCAGACATGGATGAAGAAGACGCTGAGGGAAGAAGGGCCTTACATTTTGCGTGTGGTTACGGTGAGgtatgtggaactgctgaatggtttagaatagaaatgaatcacgtaacacagattaaatacggatgtttgtagcaataaccaattgggtgaac-ttgtctgttttcag

upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g33810.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgtgaatatcc----tgatg--cagcaggacgaccaccatttgttatgt-
||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| | ||| |  |   | |  ||  |||||  || ||  ||||   |   |||  | || |        ||   ||   ||  || |    | |||| |   
GGTCTGAAGAAAGCTTTAGAGGATGGAGCAGACATGGATGAAGAAGACGCTGAGGGAAGAAGGGCCTTACATTTTGCGTGTGGTTACGGTGAGgtatgtggaactgctgaatggtttagaatagaaatgaatcacgtaacacagattaaatacggatgtttgtagcaataaccaattgggtgaac-ttgtctgttttcag

upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G47830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgt----gaatatc--ctgatgcagcaggacgaccaccatttgttatgt
|| ||||| || ||  |||    ||| || |||||||||||||||||| | |||||||||   ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| |  |||   ||     |   ||       ||   |||||  ||||||   |  | |    |||| ||  || |||  |  ||  |       |   ||    
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCTCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGCGAGgtatgctaat--atttggagtaaatattttctcatctcttacatcacatgctttttgtttcatagaatttctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt----

upper sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgt----gaatatc--ctgatgcagcaggacgaccaccatttgttatgt
|| ||||| || ||  |||  | ||| || |||||||||||||||||| | |||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |  |||   ||     |   ||       ||   ||| |  ||||||   |  | |    |||| ||  || |||  |  ||  |       |   ||    
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat--atttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14245007|gb|BG842945.2|BG842945
EST:     ATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: ATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|20513053|gb|BQ280239.1|BQ280239
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|60346930|gb|DN213903.1|DN213903
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|30087804|gb|CB886010.1|CB886010
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|13381712|gb|BG458267.1|BG458267
EST:     GGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: GGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|60355695|gb|DN222668.1|DN222668
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|113704194|gb|EE681698.1|EE681698
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|74034821|gb|DT535312.1|DT535312
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|9953126|gb|BE639709.1|BE639709
EST:     AGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGCTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCT
genomic: AGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGG-TGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCT
EST: gi|8665485|gb|BE186301.1|BE186301
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCATTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|21809483|gb|BQ667801.1|BQ667801
EST:     GAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: GAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|33091656|gb|CF051650.1|CF051650
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|14243333|gb|BG840971.2|BG840971
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|211035290|gb|FL425632.1|FL425632
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|21394198|gb|BQ538628.1|BQ538628
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|31558361|gb|CD527573.1|CD527573
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|213182765|gb|FM187299.1|FM187299
EST:     TGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: TGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|5030685|gb|AI714879.1|AI714879
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|17921594|gb|BM259245.1|BM259245
EST:     ATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: ATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|60338870|gb|DN205843.1|DN205843
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|37398879|gb|CF636759.1|CF636759
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|20300887|gb|BQ163830.1|BQ163830
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
EST: gi|32797543|gb|CD949779.1|CD949779
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|37390740|gb|CF632604.1|CF632604
EST:     GACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: GACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|78179376|gb|DV549749.1|DV549749
EST:     CGGGCATTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: CGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
EST: gi|19058225|gb|BM736892.1|BM736892
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGC
EST: gi|109179476|gb|EC380017.1|EC380017
EST:     AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAG                         TTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA
genomic: AAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 521

GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 558

GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 451

GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 365

GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaat ... gtatatttagTTGAAGTGTGCAGAAATTCTCCTTGAGGCGGGGGCCGCAGTTGATGCCCTAGATAAGAACAAGAACACTCCGTTGCACTATGCTGCTGGGTATGGTCGGA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgtgaatatcctgatgcagcaggacgaccaccatttgttatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacggaaa