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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctttctagaccctttgatgacttgtacaacaaacctttcaccaatggaacctggcaataatatatagggcatgtgaacacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G702490_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G702490_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os08g32850.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctttctagaccctttgatgacttgt-acaacaaacctttcaccaatggaacctggcaataatatatag--ggcatgtgaacacag----------
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GTTGGGTCAAAATCTGAAGCAAGTGGAATTGCAAAAGCGGGAGCAAAAATGGTTATGGCAGTTTCCTGTTCCAAGgtaaaaatttcatgggaccttt--tcccttattactctcattttttctgtagttttcactctattcagtatctagccgcctcttgtactttcatactttaat

upper sequence: GRMZM2G702490_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT4G34030.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctttctagaccctttgatgacttgtacaacaaacctttcaccaatggaacctggcaataatatatagggcatgtgaacacag
|| || || |   |||| || |  || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||      | | ||      ||| | |   ||   | | |  ||| |  |    || |  |  ||  ||     ||  | |  |  |||
GTGGGTTCTAGAGCTGAGGCCAACGGCATTGCAAAAGCTGGAGCGAAAATGGTGATGGCAGTATCCTGTGCTAAGgt-----atgtttaa--ttcttggttaagagtctgagaga--tttgattaggataagccag--attctaagctcgg-gtcttcattcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18174183|gb|BM349571.1|BM349571
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18170745|gb|BM340585.1|BM340585
EST:     AGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: AGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18167723|gb|BM337563.1|BM337563
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18167515|gb|BM337354.1|BM337354
EST:     ATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGGTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: ATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18175183|gb|BM350571.1|BM350571
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18175177|gb|BM350565.1|BM350565
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18162588|gb|BM332427.1|BM332427
EST:     TCATGGCAGTATCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17930559|gb|BM267519.1|BM267519
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18174665|gb|BM350053.1|BM350053
EST:     TGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18172771|gb|BM348159.1|BM348159
EST:     GAATTGCCAAAGCTGAAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17930302|gb|BM267262.1|BM267262
EST:     TGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18168905|gb|BM338745.1|BM338745
EST:     GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18172505|gb|BM347893.1|BM347893
EST:     TGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18171903|gb|BM347291.1|BM347291
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18172591|gb|BM347979.1|BM347979
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18163435|gb|BM333274.1|BM333274
EST:     AGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: AGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|211208452|gb|FL456118.1|FL456118
EST:     GATTTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATAACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18167346|gb|BM337185.1|BM337185
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|211125173|gb|FL001723.1|FL001723
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|28986685|gb|CB351259.1|CB351259
EST:     GAAATGCCAAAGCTGGAGCAAAAATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTGCAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18176691|gb|BM351624.1|BM351624
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18169435|gb|BM339275.1|BM339275
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|16920695|gb|BM074783.1|BM074783
EST:     GGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCTTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17929873|gb|BM266833.1|BM266833
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18165984|gb|BM335817.1|BM335817
EST:     TGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18162037|gb|BM331876.1|BM331876
EST:     GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18172604|gb|BM347986.1|BM347986
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17932106|gb|BM269066.1|BM269066
EST:     TGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18166908|gb|BM336747.1|BM336747
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18175513|gb|BM350798.1|BM350798
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18169205|gb|BM339045.1|BM339045
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18162421|gb|BM332260.1|BM332260
EST:     TCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17931062|gb|BM268022.1|BM268022
EST:     AAGATGGTCATGACAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCATAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: AAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17931775|gb|BM268735.1|BM268735
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|67019720|gb|CO448469.1|CO448469
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|211208453|gb|FL456119.1|FL456119
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18163001|gb|BM332840.1|BM332840
EST:     G-ATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGAAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18168734|gb|BM338574.1|BM338574
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18166166|gb|BM336005.1|BM336005
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18173292|gb|BM348680.1|BM348680
EST:     GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18162832|gb|BM332671.1|BM332671
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|16920411|gb|BM074644.1|BM074644
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18173161|gb|BM348549.1|BM348549
EST:     CATGGCAGTTTCCTGTGATAAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTA
genomic: CATGGCAGTTTCCTGTGCT-AAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTA
EST: gi|18171093|gb|BM340933.1|BM340933
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18170353|gb|BM340193.1|BM340193
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18163653|gb|BM333492.1|BM333492
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EST:     TGCCAAAGCTGGAGCAAAAATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: TGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|28986863|gb|CB351347.1|CB351347
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17931446|gb|BM268406.1|BM268406
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17930788|gb|BM267748.1|BM267748
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGATAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18171929|gb|BM347317.1|BM347317
EST:     AGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGAAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: AGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|17931706|gb|BM268666.1|BM268666
EST:     GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: GAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18165006|gb|BM334845.1|BM334845
EST:     AGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGAAATTAT
genomic: AGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18175800|gb|BM350984.1|BM350984
EST:     ATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGAAATTAT
genomic: ATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
EST: gi|18172128|gb|BM347516.1|BM347516
EST:     ATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAG                         GTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT
genomic: ATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 63

GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTATGGAATGTGCGGACGTGCATATAGCCCAAACTTTTTATTTCTTTGGCCAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 425

GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTATGGAATGTGCGGACGTGCATATAGCCCAAACTTTTTATTTCTTTGGCCAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 244

GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTATGGAATGTGCGGACGTGCATATAGCCCAAACTTTTTATTTCTTTGGCCAA


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 103

GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctt ... gtgaacacagGTTCCTAAAATTACAATAATTGTTGGTGGAAGTTTTGGGGCTGGGAATTATGGAATGTGCGGACGTGCATATAGCCCAAACTTTTTATTTCTTTGGCCAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCGGATCAAAGTCTGAAGCTAGTGGAATTGCCAAAGCTGGAGCAAAGATGGTCATGGCAGTTTCCTGTGCTAAGgtcaaccctttctagaccctttgatgacttgtacaacaaacctttcaccaatggaacctggcaataatatatagggcatgtgaacacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
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