1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCAACAGCAGCTTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggttatagttaatacaaatactatcttctatttatagattatcttagctacacatggctacctggattgaaacaccaagttcaattctacctt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G474236_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|26558437|gb|CA830672.1|CA830672
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|87155597|gb|DY400386.1|DY400386
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|32863285|gb|CF002967.1|CF002967
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGTATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|76926868|gb|DV171024.1|DV171024
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|71766468|gb|DR964405.1|DR964405
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|76919531|gb|DV167764.1|DV167764
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|83279043|gb|DV943051.1|DV943051
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|76291468|gb|DV031036.1|DV031036
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|32935691|gb|CF040503.1|CF040503
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GGTGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|32936388|gb|CF041207.1|CF041207
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGTTTTTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAGG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|32837608|gb|CD977286.1|CD977286
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|22545635|gb|BU097994.1|BU097994
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|71421571|gb|DR805500.1|DR805500
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGTEST: gi|18168382|gb|BM338222.1|BM338222
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
EST: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAG GATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
genomic: TTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggt ... agttatgcagGATGTTGGCTGATTTATACAATGCAAGATGGCAAAAGTTGCGAGTTGGAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAACAGCAGCTTTTGACGGCATTCACTCCTCCAAATGGGAAGAGCCTGATGGAGCCAAAGgtaatctggttatagttaatacaaatactatcttctatttatagattatcttagctacacatggctacctggattgaaacaccaagttcaattctacctt
- - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatacaaa