Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccacctgtcaatattttttatttcaagtgcaatgattttcaagtcgttgtgagctcattttttttatatactag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G466281_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G466281_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g02750.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccacctgtcaatattttttattt-caagtgcaatgattttcaagtcgttgtgagct-----cattttttttatatactag
|||||||||||||||| ||||||||||| | |     |||  ||| |   || || || | |  ||    ||    |||||| ||      |||| ||||||||| |||
GATGTGATGCGCTTGCATGTGCTgtaaggctattcaccaacttttctcccttgcatgtcccaatatacggaaaatcttgtgaactgattgtatttattttatatattag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101388019|gb|EB816024.1|EB816024
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|76933447|gb|DV173462.1|DV173462
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|78108358|gb|DV526776.1|DV526776
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTT-GGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGG-TAACCTT
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTA-CCTT
EST: gi|76284393|gb|DV023961.1|DV023961
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|148930548|gb|EE285169.2|EE285169
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|84980730|gb|DW531079.1|DW531079
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|148948015|gb|EC893516.2|EC893516
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|149085392|gb|EE174899.2|EE174899
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|88756189|gb|DY540330.1|DY540330
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGACGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTATCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|24934262|gb|CA452480.1|CA452480
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCACGGCGATGTGTGGAAAGGCTACCTTC
EST: gi|88756155|gb|DY540296.1|DY540296
EST:     CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCT                         TTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCA
genomic: CGGATGTGATGCGCTTGCGTGTGCTgtaagaccac ... tatatactagTTTGAATCCTTGGCTTTTGGAAGCA