Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattgtacccgcaggcacggtttgtttctgtgttctttgtgttcaccagctttgacatgtgttcacttgataatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G461793_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71431372|gb|DR812422.1|DR812422
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|33468206|gb|CF245255.1|CF245255
EST:     TTCTTGATATGAAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|211374387|gb|FK951695.1|FK951695
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|71322070|gb|DR797725.1|DR797725
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|211374386|gb|FK951694.1|FK951694
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATG
EST: gi|211371734|gb|FK951691.1|FK951691
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|91872818|gb|EB402775.1|EB402775
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATG
EST: gi|30087565|gb|CB885771.1|CB885771
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|148953457|gb|EE152960.2|EE152960
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|148987549|gb|EE031414.2|EE031414
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGAGGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|88749612|gb|DY533753.1|DY533753
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|148987550|gb|EE031415.2|EE031415
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGAGGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAAGTGAGGTATAT
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATAT
EST: gi|60395012|gb|DN227881.1|DN227881
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|211374384|gb|FK951692.1|FK951692
EST:     AAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: AAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|148953458|gb|EE152961.2|EE152961
EST:     TTCTTGATATGGGAAGAGATGAAGTGGTTCTTGGAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
EST: gi|91872817|gb|EB402774.1|EB402774
EST:     TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAA                         GAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG
genomic: TTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 145

AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATGGAAGACTTTGAAGGCCTCAGTGATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 94

AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATGGAAGACTTTGAAGGCCTCAGTGATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 114

AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATGGAAGACTTTGAAGGCCTCAGTGATG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 104

AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattg ... gataatgcagGAAGGTGAGGTATATGTTGAAGGCGATGACATGGAAGAGATGGATGACATGGAAGACTTTGAAGGCCTCAGTGATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGTGTTTATGCTGACATCTATAATGTTCCCTTCAAAGCGTTTGATGAGGTTCTTGATATGGAAAGAGATGAAGTGGTTCTTGAAGAAGAGGAGGAAGAAgtaagcattgtacccgcaggcacggtttgtttctgtgttctttgtgttcaccagctttgacatgtgttcacttgataatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA