Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACTTGCTAGCATTATCAAACTTTCAGTGTATTCTAGTTTCAGCCTATTTGAATGTCGGAAGGTTGTTAACGGATCAAAGTCTTCAGAGGTTGGCAATGgtaactagcaagtcatattctttttttcccttttctatttcataatttaaataatcctccatgtggtttggatatcaaggagcagaaagaaatgtattaggattttgtagatgtttttcaagtaacatgtgcttttctttatcttttatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G423861_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G423861_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GAACTTGCTAGCATTATCAAACTTTCAGTGTATTCTAGTTTCAGCCTATTTGAATGTCGGAAGGTTGTTAACGGATCAAAGTCTTCAGAGGTTGGCAATGgta--------actagcaagtcatattctttttttcccttttctatttcataatttaaataatcctccatgtggtttggatatcaaggagcagaaagaaatgtattaggattttgtagatgtttttcaagtaacatgtgcttttctttatcttttatatgcag
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||        | ||  |||||| |    |   ||  | |  || | |  |  ||| || |   ||   |||    |   | |  |    |||                                                                      
GAACTTGCTGGCATTATCAAACTTTCAGTATATTCTAGTTTCAGCCTTTTTGAATGCCGAAAGGTTGTTAATGGATCCAAGTCTTCAGATGTTGGCAATGgtatttctttcagtacaaagtcacaaggctaccttttcctccctttctgttgtttttaacagcacttt-tgtttccttacttttcatacacag----------------------------------------------------------------------