1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagccaggataaaacttaagggagacaaaatttgaaaaatgaggatcagtatttcaaaatgagtagcttgcaaaagcaaaaataacttgctctgt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G420119_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|71761148|gb|DR959085.1|DR959085
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|5761953|gb|AI966926.1|AI966926
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: CAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|60338979|gb|DN205952.1|DN205952
genomic: CAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|5739909|gb|AI947599.1|AI947599
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGNCAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCCCAACATNCGACATGATGAAGGCAEST: gi|44900406|gb|CK826951.1|CK826951
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|32837555|gb|CD977233.1|CD977233
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|78118637|gb|DV537021.1|DV537021
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|74244724|gb|DT652638.1|DT652638
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|71773996|gb|DR971883.1|DR971883
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAATTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|149079552|gb|EE168537.2|EE168537
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|149013497|gb|EE042998.2|EE042998
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|74234934|gb|DT642848.1|DT642848
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|71324252|gb|DR798826.1|DR798826
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|110941380|gb|EE161537.1|EE161537
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCGTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|37421795|gb|CF648599.1|CF648599
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|5650407|gb|AI920767.1|AI920767
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCCTCAGTAGCTEST: gi|148937578|gb|EC881763.2|EC881763
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCT
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|149060805|gb|EE157256.2|EE157256
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTTTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|76924684|gb|DV170083.1|DV170083
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|148930077|gb|EE286023.2|EE286023
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|88756309|gb|DY540450.1|DY540450
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGGGACAACTCTTTGTTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|149027733|gb|EE154578.2|EE154578
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|149042104|gb|EE047082.2|EE047082
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|89249817|gb|DY621603.1|DY621603
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGTTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|67016215|gb|CO444964.1|CO444964
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCAEST: gi|84969523|gb|DW467958.1|DW467958
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
EST: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAG GTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
genomic: GCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagcc ... gacttttcagGTTGTCCCTTCAGTAGCTATCGGTTTCACAACATACGACATGATGAAGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGCTTCCGTATAAGAGGAACTTTTCAGGGTCTCTTGCTCATCATTCGGTGCCAAGGGTGGAGACAACTCTTTGCTGGCTTGAGCCTTAACTATGTCAAGgtaataagccaggataaaacttaagggagacaaaatttgaaaaatgaggatcagtatttcaaaatgagtagcttgcaaaagcaaaaataacttgctctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaataa