Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctttatttttatgtaaatttttatgctcagttcccttcagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374881_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccct--tcagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||  ||| | |||| ||    ||| |  |  |  ||||| |  |  || | |||   | | | ||  |  |  |    |   |  || ||   | ||   
AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACCgtaagtgctctcttttttcatccctattgtccttgtttgttcctttattggagacattttgaaacatcagacttcagagacctgaactgattgttt-tagt---

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccctt----cagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||  ||  | ||||  |    ||| | ||  || ||||||||     ||| || |||||||||  ||   |||  ||||  |||| | | || || |     
AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctcccttttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctt-tagttgacttc---

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagt--tctttatttttatgtaaatttttatgctcagttccctt----cagaaatattgaaacatagcaatcacctaaactatttgcgtatcgtggattgtctt
               ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||  ||  | ||||  |    ||| | ||  || ||||||||     ||| || |||||||||  ||   |||  ||||  |||| | | || || |     
---------------GTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctcccttttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctt-tagttgacttc---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29544030|gb|CB604410.1|CB604410
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211481573|gb|FL031237.1|FL031237
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166479402|gb|EG189456.1|EG189456
EST:     GGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|4874372|gb|AI673892.1|AI673892
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|16919306|gb|BM074128.1|BM074128
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37384781|gb|CF629491.1|CF629491
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|113659124|gb|DW816413.1|DW816413
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|33102458|gb|CF062418.1|CF062418
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGCGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211050109|gb|FL461719.1|FL461719
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166424341|gb|EG300199.1|EG300199
EST:     GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|7216230|gb|AW562352.1|AW562352
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctt ... tatgccgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTCTACCCTGGCGACAAGCTACCC