Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgtggttatttgttatgtagtttctatcatatgattaataacatgggtatataaattctaaaatgtccattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G358059_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G358059_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g14270.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgtggttatttgttatgtagtttctatcatat--gattaataacat----gggtatataaattctaaaatgt--ccattgcag
|| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |      || | | |||| | | ||||  ||| |    |||    || | || || ||||   ||||      || ||
GGATACGATGATATTCCCAAGGAAATCCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttaattgttataccattttatggtttatgttatatatgatgagcgtcattctaggttttaaaatttctttgatgtgatttctgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148931875|gb|EC877339.2|EC877339
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33095282|gb|CF055276.1|CF055276
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|86467986|gb|DY234356.1|DY234356
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|149074502|gb|EE162898.2|EE162898
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|14190892|gb|BG833122.1|BG833122
EST:     AATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: AATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|7162446|gb|AW520068.1|AW520068
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|14190894|gb|BG833124.1|BG833124
EST:     GGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33093068|gb|CF053062.1|CF053062
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGGGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|37377946|gb|CF625620.1|CF625620
EST:     CCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: CCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33096251|gb|CF056245.1|CF056245
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|18180018|gb|BM381228.1|BM381228
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33100825|gb|CF060785.1|CF060785
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCAACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|149074540|gb|EE162939.2|EE162939
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|166449691|gb|EG276381.1|EG276381
EST:     CCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: CCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33093345|gb|CF053339.1|CF053339
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|86470502|gb|DY236872.1|DY236872
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33095007|gb|CF055001.1|CF055001
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGATGACGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|71442155|gb|DR823205.1|DR823205
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCCACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32939080|gb|CF043899.1|CF043899
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32944681|gb|CF049500.1|CF049500
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGGCTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32846617|gb|CD986298.1|CD986298
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32944583|gb|CF049402.1|CF049402
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|148963937|gb|EE015058.2|EE015058
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAA-TTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGG
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGG
EST: gi|6021565|gb|AW066493.1|AW066493
EST:     GGCTAGGGGGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|5268655|gb|AI770619.1|AI770619
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|33093443|gb|CF053437.1|CF053437
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGGGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|148937046|gb|EC881219.2|EC881219
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|4647548|gb|AI622623.1|AI622623
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32943144|gb|CF047963.1|CF047963
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGGCCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGGGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|211100469|gb|FL191950.1|FL191950
EST:     GATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32912239|gb|CF017051.1|CF017051
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|9956198|gb|BE643632.1|BE643632
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|32940367|gb|CF045186.1|CF045186
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|6012223|gb|AW061765.1|AW061765
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGGGAATGGACTGCCCC
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCC
EST: gi|33094313|gb|CF054307.1|CF054307
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|8383235|gb|BE056178.1|BE056178
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGAC
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGAC
EST: gi|7216518|gb|AW562640.1|AW562640
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|71759740|gb|DR957677.1|DR957677
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|7162466|gb|AW520088.1|AW520088
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|148963936|gb|EE015057.2|EE015057
EST:     GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
EST: gi|71432522|gb|DR813572.1|DR813572
EST:     TCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAG                         CCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT
genomic: TCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1289

GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCAGAATACAAGGGACCATGGAAACAAAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 871

GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCAGAATACAAGGGACCATGGAAACAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 982

GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCAGAATACAAGGGACCATGGAAACAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 3174

GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgt ... tccattgcagCCTGAGGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTGAATGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCAGAATACAAGGGACCATGGAAACAAAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTATGATGATATTCCCAAGGAAATTCCTGACCCTGATGCTAAGAAGgtacttatgtggttatttgttatgtagtttctatcatatgattaataacatgggtatataaattctaaaatgtccattgcag

- - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG