Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCTGATTTTGGTCTTGCAAGGATAGCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGGgttagtaaagcagcgacaagtccaagagagcagttaaaacatgcttgtaatctgacgcatgtttcttaattag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G355636_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G355636_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g02040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTTGCTGATTTTGGTCTTGCAAGGATAGCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGGgttagtaaagcagcgac-----------aagtccaagagagcagttaaaacatgcttgtaatctgacgcatgtttcttaattag
|||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||   ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |  | |             |  ||||||| ||    | |  | | | | |||| | |  | ||| |||   ||
GTTGCTGATTTTGGCCTTGCAAGACTAGCTATGGATGCAGTCACGCATGTAACTACACGGGTGATGGGAACTTTTGGgtaagtaaattactgcctgccttactgagggcacaagagaacatcgtacattttcatatgatctaatgattatttgttatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211250045|gb|FL413628.1|FL413628
EST:     GCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGG                         GTACCTTGCTCCGGAGTATGCCTCAAGTGGCAAGTTGACCGAGAGATCTGA
genomic: GCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGGgttagtaaag ... tcttaattagGTACCTTGCTCCGGAGTATGCCTCAAGTGGCAAGCTGACCGAGAGATCTGA
EST: gi|78091057|gb|DV519431.1|DV519431
EST:     GCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGG                         GTACCTTGCTCCGGAGTATGCCTCAAGTGGCAAGCTGACCGAGAGATCTGA
genomic: GCTATGGATGCTTGCACTCATGTAACTACACGAGTGATGGGAACTTTTGGgttagtaaag ... tcttaattagGTACCTTGCTCCGGAGTATGCCTCAAGTGGCAAGCTGACCGAGAGATCTGA