1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTCTTCTAACATGTTGAATGCAAATGCTATGCAGCAGAATTCAGTGTTTGGAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatggcataaaaaatgaggttaggttaggtgttggcccatgatagagcaaacaacctgagacagctctgtgataacctttcatgcagtagtgtc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G177001_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCCATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|60400937|gb|DN233744.1|DN233744
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAEST: gi|21395220|gb|BQ539650.1|BQ539650
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCA
EST: AGGTTTACTAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|26457270|gb|CA828853.1|CA828853
genomic: AGGTTTAC-AGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|149098711|gb|EE184722.2|EE184722
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGNCAEST: gi|71438922|gb|DR819972.1|DR819972
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTG-CA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|89761503|gb|DY689493.1|DY689493
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|6020453|gb|AW065381.1|AW065381
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGNGCAAEST: gi|32849977|gb|CD989658.1|CD989658
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: TACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAAEST: gi|32910410|gb|CF015222.1|CF015222
genomic: TACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
EST: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAG CCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCCCTATCTCCTGTGCAA
genomic: GAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatg ... ctctatgcagCCACAAGGAACCTACGGGCTTATGCAATACCCTCCTCTATCTCCTGTGCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCTTCTAACATGTTGAATGCAAATGCTATGCAGCAGAATTCAGTGTTTGGAGGTTTACAGATGGGTTATGTGCCGCAGTACAATGGATTTGGCTACCAGgtatattatggcataaaaaatgaggttaggttaggtgttggcccatgatagagcaaacaacctgagacagctctgtgataacctttcatgcagtagtgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaaacaa