Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACGTGCAATGTCCACTGATGGGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaacttgtcatttaactaataagtcaggttggacttcagaacgatatatgctgcggtaatttaatactgtatatatcaatgtgcactttatagtg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174286_T03
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCACGTGCAATGTCCACTGATGGGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaacttgtcatttaactaataagtcaggttggacttcagaacgatatatgctgcggta---atttaatactgtatatatcaatgtgcactttatagtg
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| | |||||||||||||||   |   | | |  |  || ||    ||  |     || |||||  || |||      ||   || | | || |||    |  | ||||    |||  ||
GCGCGTGCAATGTCCACTGATGGGCTTAGGCCAACTTTCTATTGGATCAATGCTGTGATCTATGCAATTCAGgtgtgtactgtataagat--ctcatgttgcacttgatggtttagaactttagatgaattaatacgcatgtgaaac-gtactgcttgaggtgcttggtattatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93284395|gb|EB676659.1|EB676659
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|149112907|gb|EE295706.2|EE295706
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|88754539|gb|DY538680.1|DY538680
EST:     CAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTAGGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: CAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|24765679|gb|CA400838.1|CA400838
EST:     CAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: CAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|71300276|gb|DR786208.1|DR786208
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|28985354|gb|CB350599.1|CB350599
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|78106688|gb|DV525106.1|DV525106
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|67017793|gb|CO446542.1|CO446542
EST:     GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: GGCTTAGACCAACTTTCTATTGGATCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
EST: gi|37383767|gb|CF628916.1|CF628916
EST:     TCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAG                         ATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC
genomic: TCAATAGCGTGGTTTATGCAATTCAGgtgataaact ... tgaatttcagATAATCCTATGGTTGGTTTTGTGGTGGAAACCAGTTCGAATTATGGTCATC