1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ATTGTTTCAAGCGCTATTATTGACAAATACATTGGAGAAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatcagaatttttatttcattcatttttaattcctgcaaacctaatgggtctgaactgatctttcatttatctgaaagacactaccatggtatgt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G171604_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTEST: gi|148999624|gb|EE036609.2|EE036609
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTT
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCEST: gi|149111231|gb|EE294729.2|EE294729
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGAEST: gi|87157334|gb|DY402123.1|DY402123
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGA
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGEST: gi|211475169|gb|FL103102.1|FL103102
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGG
EST: ATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472644|gb|FL103081.1|FL103081
genomic: ATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472649|gb|FL103086.1|FL103086
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475166|gb|FL103099.1|FL103099
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472653|gb|FL103090.1|FL103090
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475162|gb|FL103095.1|FL103095
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTANAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472645|gb|FL103082.1|FL103082
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|148936301|gb|EC880384.2|EC880384
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAAATGTT-GGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475164|gb|FL103097.1|FL103097
genomic: AAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAA-TGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTANAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475161|gb|FL103094.1|FL103094
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475163|gb|FL103096.1|FL103096
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|93284400|gb|EB676664.1|EB676664
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGAEST: gi|211475167|gb|FL103100.1|FL103100
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGA
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|149080389|gb|EE169410.2|EE169410
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATEST: gi|148959843|gb|EE153075.2|EE153075
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGAT
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|148953590|gb|EC898944.2|EC898944
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAN CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGEST: gi|148967099|gb|EE018270.2|EE018270
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATG
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475172|gb|FL103105.1|FL103105
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: ATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472651|gb|FL103088.1|FL103088
genomic: ATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475168|gb|FL103101.1|FL103101
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|5325115|gb|AI783306.1|AI783306
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|67023560|gb|CO452309.1|CO452309
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475159|gb|FL103092.1|FL103092
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475165|gb|FL103098.1|FL103098
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTANAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472648|gb|FL103085.1|FL103085
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472650|gb|FL103087.1|FL103087
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211472646|gb|FL103083.1|FL103083
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGACACTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|148931017|gb|EC873580.2|EC873580
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAEST: gi|67033051|gb|CO461800.1|CO461800
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAA
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCAC-AA NEST: gi|67033051|gb|CO461800.1|CO461800
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctag-
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCAC-AA NEST: gi|211472652|gb|FL103089.1|FL103089
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctag-
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|148979144|gb|EE026532.2|EE026532
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|67024916|gb|CO453665.1|CO453665
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|211475171|gb|FL103104.1|FL103104
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|148964792|gb|EC906040.2|EC906040
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGEST: gi|149112655|gb|EE191390.2|EE191390
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGG
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|149100597|gb|EE186683.2|EE186683
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTCEST: gi|149009942|gb|EE041784.2|EE041784
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
EST: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAA CCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
genomic: AAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatca ... tcttttctagCCATGCATCATCTTCATGGATGAAATTGATGCCATTGGTGGGCGAAGATTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTGTTTCAAGCGCTATTATTGACAAATACATTGGAGAAAGTGCTCGTTTGATTAGAGAAATGTTTGGCTATGCACGTGATCACCAAgtaagtatcagaatttttatttcattcatttttaattcctgcaaacctaatgggtctgaactgatctttcatttatctgaaagacactaccatggtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaagaca