Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCATGTGCCCTGCTGCTCTCTGGCGAGAATTTGGACAATTATGGTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacacctattttgctcacaagcattagtctacttagttttaatatgattgttctctatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168681_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168681_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g46580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTTGCATGTGCCCTGCTGCTCTCTGGCGAGAATTTGGACAATTATGGTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacacctattt-tgc---------------------------tcacaagcattagtctacttagttttaatatgattgttctctatcag
||||| ||||| ||| |||| ||||| ||| | |||  ||| ||||||| ||||||  |||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||                            ||| || |||| |||||||    |||||| || | || |||  |||
GTTGCTTGTGCACTGTTGCTATCTGGAGAGGACTTGACCAAATATGGTGCTGTAGAAGACATTCTTGTTAAGATGGGAATATACTTTCAAGTCCAAgtaactcctatttctgccacataacaacaggaggaatttgactgccacgagtattattctactttcaattaatacgaatattttcttacag

upper sequence: GRMZM2G168681_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA09G01820.3 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTTGCATGTGCCCTGCTGCTCTCTGGCGAGAATTTGGACAATTATGGTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacacct--------attttgctcacaagcatt------agtctacttag-ttttaatatg----attgttctctatcag-------------------------------
|||||||||||  ||||  |  | || ||| || | |||||  ||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |         |||  |      || ||      ||   | ||||  | ||  |||    ||| |   |||||                                 
GTTGCATGTGCATTGCTTATGGCGGGTGAGGATCTAGACAAAAATGTTGATGTAAAGAACATTCTTGTTGAGATGGGAACATACTTTCAAGTACAGgtaatactttgttataggtttgacctcttggctttctttagagatcatttagactctagaatgctgtattataacctatcttttttctctttccttttcccctctcattttag

upper sequence: GRMZM2G168681_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G34770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
----------GTTGCATGTGCCCTGCTGCTCTCTGGCGAGAATTTGGACAATTATGGTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacacct--------attttgctcacaagcatt------agtctacttagttttaatatgattgt-tctctatcag------------------------------------------------------------------------
          ||  ||| |||  ||||  |    || ||| || | |||||  ||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || |         |||  |      || ||      ||   | ||||     | |   |||| | |||||                                                                           
CCTTACACAGGTGACATATGCATTGCTTATGGTGGGTGAGGATCTAGACAAAAATGTTGATGTAAAGAACATTCTTGTTGAGATGGGAACATACTTTCAAgtacagataatactttgttataggtttgacctcttggctttctttagagatcatttagaccctagaatgttgtatgtctatatattgcccttatgagcttgaaatattttattataacctatcttttttctctttccttttcccctctcattttag

upper sequence: GRMZM2G168681_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA15G12780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTTGCATGTGCCCTGCTGCTCTCTGGCGAGAATTTGGACAATTATGGTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacacct--------attttgctcacaagcatt-------agtctacttagttttaatatgattgttctctatcag-------------------------------------------------------------------------------------
|||||||||||  ||||  |  | || ||| || | |||||  ||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |         |||  |      || ||         ||   ||   | ||  ||| |   | | | ||                                                                                       
GTTGCATGTGCATTGCTCATGGCGGGTGAGGATCTTGACAACCATGTTGATGTAAAGAACATTCTTGTTGAGATGGGAACATACTTTCAAGTACAGgtaatactttgttataggtttgacctcttggctttctttagagatccttttgactctagaatgctgtctgtatgtctacatattgccctcatcagctataaatattttttaaaaactgtattataacctatcttttctctatccttttcccctctcattttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24768804|gb|CA403933.1|CA403933
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|60349036|gb|DN216009.1|DN216009
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|60355476|gb|DN222449.1|DN222449
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|74235733|gb|DT643647.1|DT643647
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|24768968|gb|CA404097.1|CA404097
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|5005605|gb|AI711667.1|AI711667
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|67011082|gb|CO439831.1|CO439831
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31356120|gb|CD440477.1|CD440477
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31349560|gb|CD433917.1|CD433917
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|5152741|gb|AI759039.1|AI759039
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|32851875|gb|CD991556.1|CD991556
EST:     TGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACCATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTACGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: TGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAA-CATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31356964|gb|CD441321.1|CD441321
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31353974|gb|CD438331.1|CD438331
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|213173758|gb|FM188212.1|FM188212
EST:     GAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTACGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|60345209|gb|DN212182.1|DN212182
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|24768472|gb|CA403601.1|CA403601
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31356532|gb|CD440889.1|CD440889
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|211440509|gb|FL341617.1|FL341617
EST:     TTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: TTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|24769591|gb|CA404720.1|CA404720
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|149005405|gb|EE039957.2|EE039957
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|6102050|gb|AW126520.1|AW126520
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|67016398|gb|CO445147.1|CO445147
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|37396174|gb|CF635374.1|CF635374
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|5124143|gb|AI745767.1|AI745767
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|211003337|gb|FL404185.1|FL404185
EST:     TGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: TGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|5456095|gb|AI833785.1|AI833785
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|24767000|gb|CA402145.1|CA402145
EST:     GTGATGTAGAGACCATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|5058670|gb|AI737146.1|AI737146
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|12972729|gb|BG268127.1|BG268127
EST:     TCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: TCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|211250826|gb|FL451532.1|FL451532
EST:     TGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: TGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|211405627|gb|FL391567.1|FL391567
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|31356011|gb|CD440368.1|CD440368
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|60349561|gb|DN216534.1|DN216534
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|9254637|gb|BE345105.1|BE345105
EST:     TTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAGCATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|4776182|gb|AI665185.1|AI665185
EST:     GTGATGTAGAGANCATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|78085469|gb|DV513862.1|DV513862
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|4753535|gb|AI657445.1|AI657445
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
EST: gi|71323848|gb|DR798601.1|DR798601
EST:     GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAG                         GATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG
genomic: GTGATGTAGAGAACATCCTTGTTGAAATGGGAACATACTTTCAAGTCCAGgtaacaccta ... tctctatcagGATGACTATCTGGATTGTTATGGTGATCCTGAATTTATCGGCAAG