1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
CAGAGAAAATTGCAGACAAGGAATCAGAGTGCGATATCAGTATCCTGAATATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtattttcactcttctgcaacacttagaatttctctgtattttcactcttctgcaacacttagaatttctctcagtgcttatgttatagtattcaacctaacgttctgattgatgaccgaccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G166345_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|31363989|gb|CD448344.1|CD448344
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGCAAGCATCCATCTGCTGTCAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|32863847|gb|CF003529.1|CF003529
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|149110254|gb|EE294046.2|EE294046
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|211207476|gb|FL411825.1|FL411825
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|56462002|gb|CK986300.1|CK986300
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|83279363|gb|DV943371.1|DV943371
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCTTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|91874366|gb|EB404323.1|EB404323
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATTTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|38229745|gb|CF920058.1|CF920058
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|211217164|gb|FL385248.1|FL385248
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|213173188|gb|FM191133.1|FM191133
genomic: ATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|32863787|gb|CF003469.1|CF003469
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: TTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|67022300|gb|CO451049.1|CO451049
genomic: TTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATCTGGGAGAATGGTA-TGTGCGTCAAGTTGEST: gi|32849223|gb|CD988904.1|CD988904
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGA-TGGTAATGTGCGTCAAGTTG
EST: ATCCAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|88756566|gb|DY540707.1|DY540707
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|24934254|gb|CA452472.1|CA452472
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|71758158|gb|DR956095.1|DR956095
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|32944796|gb|CF049615.1|CF049615
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|93280898|gb|EB673162.1|EB673162
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|211105793|gb|FL432184.1|FL432184
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|91053825|gb|EB164243.1|EB164243
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|76286900|gb|DV026468.1|DV026468
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|17931240|gb|BM268200.1|BM268200
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGTEST: gi|78112559|gb|DV530953.1|DV530953
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
EST: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAG CCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
genomic: ATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtatt ... gaccgaccagCCTTTTAGTTGAGGAGATAGATTTGGGAGATGGTAATGTGCGTCAAGTTGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGAGAAAATTGCAGACAAGGAATCAGAGTGCGATATCAGTATCCTGAATATACAGGTTGGCCTTATCCGTAAAGCATGGAAGCATCCATCTGCTGACAGgtgctgtattttcactcttctgcaacacttagaatttctctgtattttcactcttctgcaacacttagaatttctctcagtgcttatgttatagtattcaacctaacgttctgattgatgaccgaccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG