Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAATGGATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatcttccattcttttttatgatatcttttgtcactcatcagcttttagactaaatggtccaactatcgtaaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G164265_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G164265_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g07560.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTAATGGATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct---tccattcttt---tttatgatatcttttgtcactcatca-----gcttttagactaaatggtccaactatcgtaaacag
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||| | ||   |  || |  |   ||  || |  ||  |||  |||||||     | || |  | |||| |    ||| ||| | |||||
GTCATGGATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGATGTGTGGAATTCATTAGGGCAGACgtaagcacctagatttatcccattcattgctgttgcctcgtgttcctcatcatttgtgtttatgtattaaaagtaataac-atcattaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020152|gb|CO448901.1|CO448901
EST:     GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
EST: gi|9952315|gb|BE638898.1|BE638898
EST:     GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
EST: gi|18654924|gb|BM499729.1|BM499729
EST:     GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
EST: gi|18661950|gb|BM501665.1|BM501665
EST:     GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
EST: gi|7145135|gb|AW506616.1|AW506616
EST:     ATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: ATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
EST: gi|71430775|gb|DR811825.1|DR811825
EST:     GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGC                         GATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT
genomic: GATATGCTTGGTCCCAGCCTTTGGGACGTGTGGAATTCAATGGGGCAGGCgtaagtatct ... tcgtaaacagGATGACTCCAAATATGGCTGCTTGCATTGCTGTAGAGAGCATATCGATTCT