Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttcccttagaaatattgaaacatagcagttagctaaactagttgggtgtcatggattg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G152775_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttccctta-----gaaatattgaaacatagcagttagctaaact-agttgggtgtcatggattg
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||   ||||| ||    ||| || |  |  ||||| |||     || || |||||||||   | ||     | || |  ||  |||  | |    
AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACCgtaagtgctctct---tttttcatccctattgtccttgtttgttcctttattggagacattttgaaacatcagacttcagagacctgaactgattgttttagt---

upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttccct-----tagaaatattgaaacatagcagttagctaaactagttgggtgtcatggattg
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||| ||| ||   |||||  |    ||| ||||  || |||||||     |||| || |||||||||  ||| || |  ||||  |||  |    ||  || 
AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctccct---tttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctttagttgacttc

upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttccct-----tagaaatattgaaacatagcagttagctaaactagttgggtgtcatggattg
               ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||| ||| ||   |||||  |    ||| ||||  || |||||||     |||| || |||||||||  ||| || |  ||||  |||  |    ||  || 
---------------GTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACTgtaagtgctccct---tttttcgtccttattgtcattgtctgttcccttgttgtagatattttgaaacat--cagataccggaactgattgctttagttgacttc

upper sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA04G08200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttcccttagaaatattgaaacatagcagttagc-taaactagttgggtg--tcatggattg-
 | || ||    ||||  ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||   |||       |    |||   ||||| |  |   || ||||| |   |  ||| | ||| || |    |||   ||  |||||  | | |||||| 
GATTTAGTAAAAAAGGCTGTTTCACTGGCTATTGCTCGTGATGGTGCAAGTGGTGGGGTTGTCCGAACAGTCATAgtaagacatcttgaccagtgacttgtgtgttttctttatt--tttccttatagtga--gaatcttagtaggtcttgtaaggaaggagggtggataagggattga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21809992|gb|BQ668310.1|BQ668310
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAAAAGAACTTTTACCCTGGCGACGAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22715386|gb|BU197734.1|BU197734
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|94477407|gb|EB706365.1|EB706365
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|211478706|gb|FL031234.1|FL031234
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGKGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32945196|gb|CF050015.1|CF050015
EST:     GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ACAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78544138|gb|DV621636.1|DV621636
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|30052156|gb|AI065445.2|AI065445
EST:     GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGATACCC
genomic: GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22819123|gb|BU499213.1|BU499213
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|5713710|gb|AI943702.1|AI943702
EST:     TCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGCCAAGCTACCC
genomic: TCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32936732|gb|CF041551.1|CF041551
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148952878|gb|EC898870.2|EC898870
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|30052392|gb|AI065681.2|AI065681
EST:     TTGCTATGGCCCGNGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|32937349|gb|CF042168.1|CF042168
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|21390127|gb|BQ528176.1|BQ528176
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|6403382|gb|AW171857.1|AW171857
EST:     ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148946910|gb|EC892192.2|EC892192
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|26457200|gb|CA828783.1|CA828783
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|9742610|gb|BE518758.1|BE518758
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGAACAAGACTAC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGA-CAAG-CTAC
EST: gi|21809993|gb|BQ668311.1|BQ668311
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|71303125|gb|DR787668.1|DR787668
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|213175464|gb|FM189533.1|FM189533
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|148937129|gb|EC881304.2|EC881304
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|37379515|gb|CF626500.1|CF626500
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|166651491|gb|EG291540.1|EG291540
EST:     CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTAGGCGACAAGCTACC
genomic: CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCT-GGCGACAAGCTACC
EST: gi|21391153|gb|BQ529202.1|BQ529202
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22521594|gb|BU080405.1|BU080405
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|78110532|gb|DV528942.1|DV528942
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: gi|22521595|gb|BU080406.1|BU080406
EST:     TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA                         ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 699

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 528

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 473

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 458

AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctctctctattttttatgtaaattttcatgctcagttcccttagaaatattgaaacatagcagttagctaaactagttgggtgtcatggattg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctctctc