Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G137930_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g02310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatcc-ttgggcataagttgagctaattttcaaatctt
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | | | || ||  |   | | | || |      | ||||          | | | | |    ||     |   || ||| | | |  ||||   
TGTGCTCTATTCATCAGTTGTGTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTGTGTGAAGACAGTGATCCGTTGGATGTGCTGGTTATAATGCAGgtatgtctttgtattttagttggtactagaatcctattgcttgtactcttaagaaaaacagtgcacaagtttcttttcccttcagccattatgtaaattc-

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g74350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatc---attgggattcacaaaatggtacatc-agtagtgatctgagtatccttgggca-taagttgagctaattttcaaatctt
 || || || || ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||  ||  |  |  |   ||  | || ||  || |  | |||| ||   |   |     || | ||| |  |    |||      || || |    
AGTTCTCTACTCTTCAGTCGTCTATCCTCACAACTATGGGTTCATTCCTCGCACGCTGTGCGACGATAGTGATCCTTTGGATGTGCTGGTCATAATGCAGgtgtgtat-ttccttgcacgttgctaaatcagaatacaataagtctttcatctaggtatagcccatccatacatggtcccttcactgaaacttgttacaca----

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA13G19500.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggat-tcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatcc-ttgggca-taagttga--gctaattttcaaatctt
| | || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||| ||| |||||||  |||||||  ||||||| |||||||||  |||   | || |  ||||        | |  | |  | ||        |||  |||||  ||   ||| | | |||||  |   ||    ||||| |   
TATACTTTACTCATCAGTTGTTTATCCTCACAACTATGGGTTTATTCCACGTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgta--cttgaatattgttcatattgccaacttcttgctagttagtgtgattcaagttttctgaaaatggattgtgtaataagtcaacaacttccgttcaact---

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA10G05130.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggat-tcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaa-atctt
| | || || ||||| ||||| || |||||||||||||| || || || || ||  ||||||| ||| |||||||  |||||||  ||||||| |||||||||  |||   | || |  ||||  |     | |  | |  | ||    |    ||||| | |   |   ||   ||   ||| |  | |  |||| | |||
TATCCTTTACTCATCGGTTGTGTATCCTCACAACTATGGGTTTATCCCACGTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgta--cttgaatcttgttcatattgtcaacttcttgctagttagtgtgccttgtgtgatattaagttttctgaaaatggattgtgtaattagtcaacaactt

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA19G35710.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatc-tgagtatccttgggcataagttgagct---aattttcaaatctt-
 ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||  || |||| ||||||||||  |   | |   |  |||| ||     ||  |    | ||| |||||| |  ||| ||  |||  ||    || || | |  |   || |  ||||  || 
CGTGCTTTACTCATCAGTTGTTTATCCTCACAACTATGGGTTTATCCCTCGTACTATTTGTGAGGACAGTGATCCCCTGGATGTCTTGATTATTATGCAGgtat-ttatatatccgttcatattatcaaattttcc----ttgtaaatcagtgggcatcgtgtatatatttaaaaatgagattactttcaaactgacaaactttc

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA03G33000.4 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttat-atatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtg-atctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt--
||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || ||  ||||||| |||||||||||  |||||||  || |||| ||||||||||   | | |    | ||||||||      ||| |   |||   | ||| ||    ||    | || |||  |  |   |  | || |||||       |  
TGTTCTTTACTCATCAGTTGTGTATCCTCACAATTATGGGTTTATCCCACGTACTATTTGTGAGGACAGTGATCCCCTGGATGTCTTGATTATTATGCAGgtatttatatatccgttgatatatca--aattttccccggatgt--cttcaataagacatgcatgcattcttacgattgtctgcatctcattttttttgtctac

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G53620.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaat--ggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt
| | || || ||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| ||| | ||||| || || || |||||||||   |  ||||| ||| | ||  |  | |    || |||    ||||| | |  |  |     |||  |      |   |      |  ||| ||    |
TATTCTTTACTCATCTGTCGTATACCCACACAACTATGGGTTCATTCCGCGTACCCTTTGTGAGGACAGTGACCCTATTGATGTTCTTGTCATTATGCAGgtaacatattttttcataca-attttgagaacctgcataattcattacat-aatgtttcttgttctattttgatttgtgcatctgataagctttgaagaagt

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgctt----cttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt
||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || || || || || ||||| |||| ||| ||  |||||||  ||||||| ||||||||||||||    || ||| | || | ||| ||   ||   ||   |  | ||    |    | ||   ||      ||||   | ||   |||||| |  | | 
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactg---ttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaatttt-atttatc

upper sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ33488 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt
 || || ||||| || || ||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||| ||  | || || || || || ||||| ||  |||||  | |  | | | || ||    ||  |    |  |   | ||||         |      ||  | |    ||| |               
AGTCCTTTATTCCTCGGTGGTTTATCCACACAACTATGGATTTGTTCCACGCACGCTGTGTGAAGACAATGACCCGCTTGACGTTCTTGTGATCATGCAAgtgagcttccatctc-tttttttcttt----tttccctggttttgtcttagtaaacgctctcggccaagtgaacttttcatgaacag-------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9742923|gb|BE519071.1|BE519071
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|37377074|gb|CF625109.1|CF625109
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|91878963|gb|EB408920.1|EB408920
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|91870587|gb|EB400969.1|EB400969
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|211164202|gb|FL365728.1|FL365728
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGG-CTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|21760122|gb|BQ635663.1|BQ635663
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60345089|gb|DN212062.1|DN212062
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|9794549|gb|BE552857.1|BE552857
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|89252994|gb|DY624780.1|DY624780
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|32845833|gb|CD985514.1|CD985514
EST:     GCACTCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCTATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|23357487|gb|BU645136.1|BU645136
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAAGGC-ATCGGGCTTAT
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAA-GGCCATCGGCCTTAT
EST: gi|211153963|gb|FL101500.1|FL101500
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|78109928|gb|DV528343.1|DV528343
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60400269|gb|DN233076.1|DN233076
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|22546626|gb|BU098937.1|BU098937
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGTGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|22521401|gb|BU080212.1|BU080212
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGNCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|78116468|gb|DV534855.1|DV534855
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71761130|gb|DR959067.1|DR959067
EST:     GCACGCCTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|21432147|gb|BQ547637.1|BQ547637
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60400610|gb|DN233417.1|DN233417
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60352136|gb|DN219109.1|DN219109
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|6973369|gb|AW438063.1|AW438063
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGCTATAATGCAG                         GAGCCTGNTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|6973370|gb|AW438064.1|AW438064
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60396637|gb|DN229505.1|DN229505
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|33104183|gb|CF064143.1|CF064143
EST:     GTACTGGTTATAATGCGG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60393905|gb|DN226775.1|DN226775
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71441944|gb|DR822994.1|DR822994
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|76923128|gb|DV169344.1|DV169344
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|22546627|gb|BU098938.1|BU098938
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|86471929|gb|DY238299.1|DY238299
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60394081|gb|DN226951.1|DN226951
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60397937|gb|DN230753.1|DN230753
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|23357695|gb|BU645344.1|BU645344
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71445656|gb|DR826706.1|DR826706
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|91870563|gb|EB400947.1|EB400947
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|211043567|gb|FL332011.1|FL332011
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGC-TTAAT
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTA-T
EST: gi|74035433|gb|DT535921.1|DT535921
EST:     GCACTCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCTATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|31405950|gb|CD484682.1|CD484682
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|76287732|gb|DV027300.1|DV027300
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|19822092|gb|BQ048116.1|BQ048116
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|76287731|gb|DV027299.1|DV027299
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|20301303|gb|BQ164246.1|BQ164246
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60395705|gb|DN228575.1|DN228575
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71445655|gb|DR826705.1|DR826705
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|22472706|gb|BU037186.1|BU037186
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71758865|gb|DR956802.1|DR956802
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|37397100|gb|CF635845.1|CF635845
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60401073|gb|DN233880.1|DN233880
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|31557952|gb|CD527164.1|CD527164
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71444626|gb|DR825676.1|DR825676
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGAGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|60342157|gb|DN209130.1|DN209130
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|166570140|gb|EG282742.1|EG282742
EST:     CACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTA
genomic: CACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTA
EST: gi|22133615|gb|BQ833806.1|BQ833806
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|71444627|gb|DR825677.1|DR825677
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
EST: gi|91870562|gb|EB400946.1|EB400946
EST:     GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAG                         GAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCTTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG
genomic: GCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttct ... gtgcatgcagGAGCCTGTTATCCCAGGCTGTTTCCTACGTGCGAAGGCCATCGGCCTTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgcttcttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA