1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattttcatgtggccaacacttccttctcaatagcttgattgtagtcttatattctcatttgcccaacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G134582_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCCTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|67025845|gb|CO454594.1|CO454594
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|211299931|gb|FL223399.1|FL223399
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTEST: gi|17930924|gb|BM267884.1|BM267884
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTT
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|32807664|gb|CD959898.1|CD959898
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|32793865|gb|CD946101.1|CD946101
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|31354444|gb|CD438801.1|CD438801
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCTATGATGGTGCG ATAGAAGAATCAGTTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|15209068|gb|BI430952.1|BI430952
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCTATGATGGTGCG ATAGAAGAATCAGTTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|50333934|gb|CO529060.1|CO529060
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|211269910|gb|FK986925.1|FK986925
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|211419500|gb|FK986935.1|FK986935
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTCCTGCCEST: gi|21891605|gb|BQ744818.1|BQ744818
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|32928966|gb|CF033778.1|CF033778
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: ACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|60398445|gb|DN231261.1|DN231261
genomic: ACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|13126413|gb|BG316983.1|BG316983
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: GGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|211512831|gb|FL354907.1|FL354907
genomic: GGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGA-GAATCAACTATTGCTGCCTTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGEST: gi|31354453|gb|CD438810.1|CD438810
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTT-GAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAG
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCTATGATGGTGCG ATAGAAGAATCAGTTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|67020169|gb|CO448918.1|CO448918
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|32928540|gb|CF033352.1|CF033352
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: ACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|60399613|gb|DN232423.1|DN232423
genomic: ACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|6020992|gb|AW065920.1|AW065920
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTG GTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGCEST: gi|14529440|gb|BI096573.1|BI096573
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCTATGATGGTGCG ATAGAAGAATCAGTTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattt ... tgcccaacagGTAGAAGAATCAACTATTGCTGCCTTGAAGAGAGCATTGGGTTCTCTGAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTGTGgtatgtattttcatgtggccaacacttccttctcaatagcttgattgtagtcttatattctcatttgcccaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG