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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagatttttcatttgtgatggttgtgatgcagtcaatttaaataatataatatatgatattttttcttgttgacatggtggttgcttttcatcaaccgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133213_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G133213_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g59930.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattt--ttcatttgtgatggttgtgatgcagtcaatttaaataatataatatat--gatattttttcttgttgacatggtggttgcttttcatcaaccgt
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GTTGCAAGGGCAATTCTTGAGAACCCTAATGATATCACAAAAGTTCATTTAGTCTATGCAAATGTCACGCATGACGACATTCTTCTGAAGgtggaatcacttctttgttatttgttaagactctctttttgctgcctctacaatatatctatgatacaattttgtggtctttctgactg-ttagcatcgcc---

upper sequence: GRMZM2G133213_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0009g01710.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagatttttcatttgtgatggttgtgatgcagtcaatttaaataatataatatatgatattttttcttgttgacatggtggttgcttttcatcaaccgt-
||  | ||||| ||  | || ||||| | |||||| |||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||| |  | ||  |     |   | |    |  ||  | |   |   ||  | | |  ||| | || |||  |||    |  |           |  | | 
GTCACTAGAGCCATATTAGAAAACCCAAGTGACAATACCAAGGTGCATCTTATTTATGCCAATGTCACATATGAGGACATTCTTTTAAAGgtaaagctctctctctctctctctctatctctctctctctctctctcatt-tcttttttatctattattgaggactacatcctcctaagattcaaggcatt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71448609|gb|DR829659.1|DR829659
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|148941936|gb|EC886923.2|EC886923
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTT-AAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|149102560|gb|EE287919.2|EE287919
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|76925297|gb|DV170368.1|DV170368
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|33094787|gb|CF054781.1|CF054781
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|78021300|gb|DV489687.1|DV489687
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32847392|gb|CD987073.1|CD987073
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|211135585|gb|FL028679.1|FL028679
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|50324317|gb|CO519443.1|CO519443
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32939915|gb|CF044734.1|CF044734
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|211135584|gb|FL028678.1|FL028678
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGTTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATSAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|71762916|gb|DR960853.1|DR960853
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATTTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32931398|gb|CF036210.1|CF036210
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTGC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|149037731|gb|EE155393.2|EE155393
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32847563|gb|CD987244.1|CD987244
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|87152328|gb|DY397117.1|DY397117
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|78109074|gb|DV527491.1|DV527491
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTT-AAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|211135583|gb|FL028677.1|FL028677
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|148961502|gb|EE012253.2|EE012253
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGGCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|76012143|gb|DT939313.1|DT939313
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|149082026|gb|EE171198.2|EE171198
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32837232|gb|CD976910.1|CD976910
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|110942132|gb|EE162289.1|EE162289
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32858270|gb|CD997951.1|CD997951
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|110222928|gb|EC904826.1|EC904826
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACANNNNNNNGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATTTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|5871734|gb|AW018205.1|AW018205
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|76291173|gb|DV030741.1|DV030741
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|60353457|gb|DN220430.1|DN220430
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|71767235|gb|DR965172.1|DR965172
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|60353485|gb|DN220458.1|DN220458
EST:     GGTTCAATTAATTTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTTTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATTTAC
genomic: GGTTCACTTAA-TTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|78080766|gb|DV509178.1|DV509178
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|67014854|gb|CO443603.1|CO443603
EST:     AG-TTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGA-CTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|60395988|gb|DN228858.1|DN228858
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|149081654|gb|EE170805.2|EE170805
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|149080052|gb|EE169070.2|EE169070
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|76291174|gb|DV030742.1|DV030742
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32926907|gb|CF031719.1|CF031719
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGGCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|19058065|gb|BM736732.1|BM736732
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|32836716|gb|CD976394.1|CD976394
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|7162318|gb|AW519925.1|AW519925
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|111189782|gb|EE287918.1|EE287918
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|18965165|gb|BM661428.1|BM661428
EST:     AGGNTCACTTAATTTATGCTAATGGCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACA
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACA
EST: gi|149073961|gb|EE162290.2|EE162290
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|93017179|gb|EB642699.1|EB642699
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTTTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATTTAC
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genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
EST: gi|6056550|gb|AW090940.1|AW090940
EST:     AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAG                         GATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC
genomic: AGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 328

GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTACTATGTGTTGAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 504

GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTACTATGTGTTGAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 531

GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTACTATGTGTTGAATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 596

GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagattttt ... aatcatacagGATGAGCTGGACGACATGGCCAAAACCTATCCTGGCCGCTTTAAGATCTACTATGTGTTGAATCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGCCAGAGCAATTCTTGAGAACCCTAATGACAACACCAAGGTTCACTTAATTTATGCTAATGTCACATATGAAGACATTCTTCTGAAGgtagatttttcatttgtgatggttgtgatgcagtcaatttaaataatataatatatgatattttttcttgttgacatggtggttgcttttcatcaaccgt

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