Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttggccaaagctgctccctagctgttgctatggatacacttgtgtcgtgtggttcctaatgcttggaatatatttcctttatatagtgcagttatatttacctattgtgtgcctttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117507_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttggccaaagctgctccctagctgttgctatggatacacttgtgtcgtgtggttcctaatgcttggaatatatttcctttatatagtgcagttatatttacctattgtgtgcctttag
|||||| ||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||     || |          || || |||   ||  ||    || | |    ||||    |     |  || || |  | |   |   | |  |||                    
AAGTGACGATACTGTGGATTTCATCGGCCATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTACCTAAATGAACCAGCAATTGATACTGTAAAAAGGATGAAAgtaagtcttgtttgtagtt----------tgctgttatcagtatcctctgctcatat----cctaccattccattttcatctcttaaacaccttcaggctgcattagttagcca-----------

upper sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttggccaaagctgctccctagctgttgctatggatacacttgtgtcgtgtggttcctaatg--cttggaatatatttcctttatatagtgcagttatattt--acctattgtgtgcctttag
|||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||  ||||||| ||   ||| |     | |   ||  ||| ||    |    ||||  ||  ||  ||||||   | ||||||  ||| || ||| ||||       || | | | | |||
AAGTGACGATACCGTGGATTTCATCGGTCATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGCTACCTTAATGAACCAGCAATTGATACTGTAAAAAGGATGAAAgtaagtattgatcaaagctcctg--tagat-----tgttcgtagtcttctgctacggatatcctgctgttctctgaatattcatgctttatgaagttcaattacattttagtgctttatctacttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33095042|gb|CF055036.1|CF055036
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|23357699|gb|BU645348.1|BU645348
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|33101772|gb|CF061732.1|CF061732
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|18661117|gb|BM501220.1|BM501220
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGANA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|31351669|gb|CD436026.1|CD436026
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|32943016|gb|CF047835.1|CF047835
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|32933017|gb|CF037829.1|CF037829
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|6020721|gb|AW065529.1|AW065529
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAG
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAG
EST: gi|211472426|gb|FL096496.1|FL096496
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACGGGCACTTGATACAGTGAAAAG-ATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATAT
EST: gi|15313508|gb|BI478735.1|BI478735
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|5895558|gb|AW036804.1|AW036804
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
EST: gi|24773363|gb|CA408617.1|CA408617
EST:     ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAA                         CTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT
genomic: ATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 136

AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 171

AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 179

AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 50

AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttg ... gtgcctttagCTATATGCAGACTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGCTCACCTTATATCTATCCACTATATGGGTTGGGTGAGCTACCACAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGTGATGATACAGTGGATTTCGTTGGACATGCACTTGCTCTTCATAGAGATGATCGTTATCTCGATGAACCGGCACTTGATACAGTGAAAAGGATGAAAgtaagtcttggccaaagctgctccctagctgttgctatggatacacttgtgtcgtgtggttcctaatgcttggaatatatttcctttatatagtgcagttatatttacctattgtgtgcctttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG