Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatataccaataactagcttattacatgaacagtaatgtttttttggaagacatagcatacctttagcacaaattcttaatttactgcggcaaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G116919_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G116919_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g09330.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatataccaataactagcttattacatgaacagtaatgtttttttgg--aagacatagcatacctttagcacaaattcttaatttactgcggcaaat
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   | | | |  ||   |||  | ||  ||| || ||| || |||      |  |  | |       || |    | |  | | |  |       | | 
TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaaatctgtactaagcacaatatttgagca-taacgtatttcccaccattatctggggagttgttgggctgagtcgtcattcaaacttaagaga-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37421879|gb|CF648643.1|CF648643
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|76917612|gb|DV166918.1|DV166918
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|50332246|gb|CO527372.1|CO527372
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78544504|gb|DV622002.1|DV622002
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|88756479|gb|DY540620.1|DY540620
EST:     AATCTTGGAATCCGATGGGGTTTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGGTTCTGTCCTTCAGG
genomic: AATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|34391285|gb|CF384513.1|CF384513
EST:     TTCATCCTGGATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78123531|gb|DV541915.1|DV541915
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71420480|gb|DR805114.1|DR805114
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|67022830|gb|CO451579.1|CO451579
EST:     GAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCTTTCATG
genomic: GAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|31364477|gb|CD448832.1|CD448832
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|4804485|gb|AI665355.2|AI665355
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|37382371|gb|CF628128.1|CF628128
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|5343079|gb|AI795489.1|AI795489
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71756603|gb|DR954540.1|DR954540
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|8103224|gb|AW927877.1|AW927877
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCCATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|60346203|gb|DN213176.1|DN213176
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|78024877|gb|DV493264.1|DV493264
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|71320224|gb|DR796871.1|DR796871
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|9742575|gb|BE518723.1|BE518723
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|60341447|gb|DN208420.1|DN208420
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
EST: gi|16920917|gb|BM074893.1|BM074893
EST:     TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAG                         CATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG
genomic: TTCATCCTGAATCTTGGAATCCGATGTGGTCTGTTGCAAGgtacacatat ... tatgctgcagCATTCTCACTGGGCTTCTGTCCTTCATG