Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttcagtatgctttgttatgtttatttctgttttatttattatgtcaccatagttaatctcgctactggtattagatatatctaatttttctatt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102596_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatg-tttcagtatgctttgttatgtttatttctgttttat-ttattatgtcaccatagttaatctcgctactggtattagatatatctaatttttctatt
|||||||     ||| ||||||||||||| || || |||||  | |||||||||||    || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||| || | |     | || ||  |  | | |  | | || || ||        | || |  | |||      | |  | |||   ||   ||  
TACCGCTATGTGATGCCAGTTGAGGAAGCTGCTGAGTTAGCAAGGCGGGCTATTTACCAAGCTACATTCCGTGATGGGGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGCGgtatgctttctgtttaccggtctctgcttcatgatatctcttgtgataatttctattcctgtcatgtttccactttccacacaactgtctgccttaatta--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|45568022|gb|CK985863.1|CK985863
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32825185|gb|CD964907.1|CD964907
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|14621502|gb|BI142263.1|BI142263
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|31355758|gb|CD440115.1|CD440115
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74235152|gb|DT643066.1|DT643066
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|21331860|gb|BQ487241.1|BQ487241
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCCTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|149029425|gb|EE286206.2|EE286206
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|148930315|gb|EE284711.2|EE284711
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGGTGTGTTAGTG                         TTTACCCACGT-GGCCCTGATGGGTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACC-ACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
EST: gi|4388173|gb|AI491345.1|AI491345
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|18383461|gb|BM416661.1|BM416661
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|22521496|gb|BU080307.1|BU080307
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTTTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60340648|gb|DN207621.1|DN207621
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|22473321|gb|BU037801.1|BU037801
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|211255519|gb|FL452747.1|FL452747
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|67024831|gb|CO453580.1|CO453580
EST:     ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGNCA-GTGGTG-TTGTGTTANTG                         TTTAC-ACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGA-GCTTTCTGGG-ATGATG
genomic: ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAG-CAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATG
EST: gi|60396264|gb|DN229133.1|DN229133
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60400705|gb|DN233512.1|DN233512
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCGGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCTTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTAG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|166526830|gb|EG149948.1|EG149948
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACG
EST: gi|5058758|gb|AI737234.1|AI737234
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|29945859|gb|CB815856.1|CB815856
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|67021569|gb|CO450318.1|CO450318
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|149102540|gb|EE287897.2|EE287897
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGGGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGAGGAAGCTTTCTGGGGAGGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|78091577|gb|DV519951.1|DV519951
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60396648|gb|DN229516.1|DN229516
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|61119780|gb|DN560741.1|DN560741
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|211477744|gb|FL107320.1|FL107320
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|50325400|gb|CO520526.1|CO520526
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|88747941|gb|DY532082.1|DY532082
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|31355177|gb|CD439534.1|CD439534
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGGTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60400195|gb|DN233002.1|DN233002
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|31352712|gb|CD437069.1|CD437069
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|71305291|gb|DR788779.1|DR788779
EST:     ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGGTG-TGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTGGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAG-TGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4647461|gb|AI622536.1|AI622536
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCCCGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|22542995|gb|BU093433.1|BU093433
EST:     AAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCCCGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: AAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4647226|gb|AI622301.1|AI622301
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|18383566|gb|BM416766.1|BM416766
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|33102885|gb|CF062845.1|CF062845
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGTTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|148948646|gb|EC898560.2|EC898560
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|120480036|gb|EH210702.1|EH210702
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGGCCCTGATGGTTGG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGG-CCCTGATGGTTGG
EST: gi|101388656|gb|EB816314.1|EB816314
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTTAC-ACGTTGG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTT-ACCACGTTGG
EST: gi|30032157|gb|CB834008.1|CB834008
EST:     TAAAAATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74245089|gb|DT653003.1|DT653003
EST:     ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGNCA-GTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAG-CAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|6952787|gb|AW424855.1|AW424855
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|40334395|gb|CK368465.1|CK368465
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|88756374|gb|DY540515.1|DY540515
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|5058715|gb|AI737191.1|AI737191
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|211492165|gb|FL107401.1|FL107401
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32925969|gb|CF030781.1|CF030781
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|71328531|gb|DR800922.1|DR800922
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|31351554|gb|CD435911.1|CD435911
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60339639|gb|DN206612.1|DN206612
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|78120600|gb|DV538984.1|DV538984
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACCAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74233649|gb|DT641563.1|DT641563
EST:     GGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: GGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32807075|gb|CD959309.1|CD959309
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32827429|gb|CD967107.1|CD967107
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|76293517|gb|DV033085.1|DV033085
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCCCGTTGGCCCTGATGGTTGGAGGAAGCTTTTTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|31354511|gb|CD438868.1|CD438868
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|16925679|gb|BM078747.1|BM078747
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGATGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|149102541|gb|EE287898.2|EE287898
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4775866|gb|AI664871.1|AI664871
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32851166|gb|CD990847.1|CD990847
EST:     GCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTAGGGATGATGTCG
genomic: GCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60357179|gb|DN224152.1|DN224152
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32851229|gb|CD990910.1|CD990910
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|8401301|gb|BE056935.1|BE056935
EST:     ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGTCATCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATG-CAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|211486402|gb|FL107374.1|FL107374
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|166577222|gb|EG146441.1|EG146441
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTAGATGGTTGGACGAAGCTTTCT
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCT-GATGGTTGGACGAAGCTTTCT
EST: gi|7137959|gb|AW499358.1|AW499358
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4827480|gb|AI668172.1|AI668172
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|21625974|gb|BQ620895.1|BQ620895
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|71305289|gb|DR788778.1|DR788778
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|19058235|gb|BM736902.1|BM736902
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGGG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGGTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32824775|gb|CD964497.1|CD964497
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|69351484|gb|DR452150.1|DR452150
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGCTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|148948645|gb|EC898559.2|EC898559
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|21331351|gb|BQ486732.1|BQ486732
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60356523|gb|DN223496.1|DN223496
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|22542600|gb|BU093038.1|BU093038
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTAACCACGTTGGTCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGT
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTA-CCACGTTGG-CCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGT
EST: gi|45567510|gb|CK985606.1|CK985606
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|71328533|gb|DR800923.1|DR800923
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGGTGTGTTAGTG                         TTTTAC-ACGTTGGCCCTGATGGGTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTT-ACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
EST: gi|32827549|gb|CD967227.1|CD967227
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|76282580|gb|DV022148.1|DV022148
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|32936164|gb|CF040976.1|CF040976
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|37375977|gb|CF624481.1|CF624481
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|101383043|gb|EB813574.1|EB813574
EST:     ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGNCA-GTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTG
genomic: ATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAG-CAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTG
EST: gi|45847315|gb|CN071258.1|CN071258
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4753476|gb|AI657386.1|AI657386
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74235153|gb|DT643067.1|DT643067
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACCGT-GGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCAC-GTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTC
EST: gi|16925847|gb|BM078915.1|BM078915
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|76293518|gb|DV033086.1|DV033086
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60352355|gb|DN219328.1|DN219328
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60399148|gb|DN231962.1|DN231962
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|213171133|gb|FM189138.1|FM189138
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|67024666|gb|CO453415.1|CO453415
EST:     ATTTATGGGGGCA-CATTCCGTGATGCAACAAGTGGTGGTTGTGTTAATG                         TTTACCACGTTGGCCCTGAAGGTTGGACGAAGCTT-CTGGGGATGATGTCG
genomic: ATTTATGGGG-CAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74245088|gb|DT653002.1|DT653002
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74234793|gb|DT642707.1|DT642707
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGGTGTGTTAGTG                         GTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|4573344|gb|AI586903.1|AI586903
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTTATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCGCGTT
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTT
EST: gi|93283423|gb|EB675687.1|EB675687
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|9254778|gb|BE345246.1|BE345246
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTTGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|60354395|gb|DN221368.1|DN221368
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|74234792|gb|DT642706.1|DT642706
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|78120599|gb|DV538983.1|DV538983
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
EST: gi|33104175|gb|CF064135.1|CF064135
EST:     TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTG                         TTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG
genomic: TATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1085

TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCGGGGAGCTGCACTACCACTACTACCCGGTTCAGAAAACTCCGGTTGAACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 923

TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCGGGGAGCTGCACTACCACTACTACCCGGTTCAGAAAACTCCGGTTGAACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 681

TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCGGGGAGCTGCACTACCACTACTACCCGGTTCAGAAAACTCCGGTTGAACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1010

TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttca ... tgaattgcagTTTACCACGTTGGCCCTGATGGTTGGACGAAGCTTTCTGGGGATGATGTCGGGGAGCTGCACTACCACTACTACCCGGTTCAGAAAACTCCGGTTGAACA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACCGCTTCAGCATGTCAGTTGAGGAAGCCGCCGAATTAGCGCGACGGGCTATTTATGGGGCAACATTCCGTGATGCAGCAAGTGGTGGTTGTGTTAGTGgtatgtttcagtatgctttgttatgtttatttctgttttatttattatgtcaccatagttaatctcgctactggtattagatatatctaatttttctatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG