1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G101217_T05 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTAEST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTAEST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTEST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTT
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTAEST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCCATGTTGGGGTGCTTATGCTTGAGGTAEST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCC-ATGTTGGG-TGCTTATGCTTGAGGTA
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTGEST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCCTATGCTTGGAG-TATGTTCTEST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTG-AGGTATGTTCT
EST: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA