Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T05
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctat-------tccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatat-----aagtcgtcttt----ttctattgtgcag-------
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||   || || |||| | ||||| ||||||||||||||||         ||||     || |||||||||| |||   | | |||  || |||     || |  | | |    ||  ||  | |||       
TCTCTAGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAGGTGCGAAGCCATTTGTCAAAGTTCATGGTTGAGTGTCGTGACGCAACTGACAGAGCTGGATGGGgtaagctgacttcttgtccctgctcctctgtagggcaatctactctaaaatgcattctatttaaaaaataatgtatgaactttgataattcagcttgcaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTT
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTT
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCCATGTTGGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCC-ATGTTGGG-TGCTTATGCTTGAGGTA
EST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTATGTTCTG
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCCTATGCTTGGAG-TATGTTCT
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTG-AGGTATGTTCT
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA