Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctat-------tccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatat-----aagtcgtcttt----ttctattgtgcag-------
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||   || || |||| | ||||| ||||||||||||||||         ||||     || |||||||||| |||   | | |||  || |||     || |  | | |    ||  ||  | |||       
TCTCTAGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAGGTGCGAAGCCATTTGTCAAAGTTCATGGTTGAGTGTCGTGACGCAACTGACAGAGCTGGATGGGgtaagctgacttcttgtccctgctcctctgtagggcaatctactctaaaatgcattctatttaaaaaataatgtatgaactttgataattcagcttgcaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCCATGTTGGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCC-ATGTTGGG-TGCTTATGCTTGAG
EST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCCTATGCTTG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTG
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAGGTA
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTT
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTT
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGG                         GCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG
genomic: GTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctatt ... tattgtgcagGCCGCACGGATCCTCATCCATGTTGGGTGCTTATGCTTGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAGACCTGGATGGGgtaagctattccccatggctgtgtagggcaacctatctttacatgatttatataagtcgtctttttctattgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA