Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095252_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgt-acagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccag
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| | |  |  |  || || |      ||  |||  ||||          |  ||||||||    |  ||     || |  |||||
GTTGGAGCTGAAATTGTAAGGAGAGCGCTGAGCTACCCGCTTAAATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatcttgttcactaacagaaaatcatatgt-tcaca--------tgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccag

upper sequence: GRMZM2G095252_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G56500.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttattctaccaaaaatctcacacgtgtaccacagttcatggcatggatctgaatcttgtgcaaacatttgctgcaccag
||||||||||| || || | ||  ||  ||||||||||||| || || || || || || || ||||||||||||||||| |||| |||||||||  | | | ||| |  ||||     || || |        |  ||  || ||    ||     ||      || | |  ||   
GTTGGAGCTGACATTGTTAAGAAAGCATTGAGCTACCCACTGAAGTTAATCGCCAAGAACGCTGGTGTCAATGGCAGCGTTGTCAGTGAGAAGgt--aatcaatctccttaaaagaatgcaagtttg---agtcttttgatatagaaactaagtcaatggcttttttcggttgacag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932965|gb|CF037777.1|CF037777
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33092673|gb|CF052667.1|CF052667
EST:     AATTGATTGCTNNNNNNNNCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32934171|gb|CF038983.1|CF038983
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTACCGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211520114|gb|FL350150.1|FL350150
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32931699|gb|CF036511.1|CF036511
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|161580518|gb|EY956298.1|EY956298
EST:     CGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: CGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32931097|gb|CF035909.1|CF035909
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32836365|gb|CD976043.1|CD976043
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32838764|gb|CD978445.1|CD978445
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32930569|gb|CF035381.1|CF035381
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33097092|gb|CF057052.1|CF057052
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAGgtacagttat ... gctgcaccagGTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG