Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctttttgtaaccgcttacacatcttttgttgagtcccacacccaatttcaagtgataccaatctgtgggatgctttacttgttggtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G095114_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G095114_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g15310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAG---AGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctttttgtaaccgcttacacatcttttgttgagtcccacacccaatttcaagtgataccaatctgtgggatgctttacttgt----tggtgcag
   ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||||| |||||||| ||| |||| |  |||||||| | ||||||||  ||||| |||       ||| || |||  | |  |   ||| |     ||  |  |  |    |   |        | | |||||    |   ||||
---CCTGGAGGCAGAGGCATTGGGCGTGGCCAGGATGATGGTGGCAGCAAAGGCGGTGGTGGCCGTGGAAGGGGAGGAATTGGAGGTAAAGGTGGCATCAAAGgta--tgcttcttgcttgaatttagac-tctactat--accgccaaagtagtttgtattttgttttgaggggataaccaatctgcttgtactctatggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100528|gb|CF060488.1|CF060488
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTGAATCTGGTGGACACACGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|50324422|gb|CO519548.1|CO519548
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|18165654|gb|BM335493.1|BM335493
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|71313633|gb|DR793392.1|DR793392
EST:     CAGTGGTGGCCGAGAAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|5468861|gb|AI834652.1|AI834652
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|60356830|gb|DN223803.1|DN223803
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|60397418|gb|DN230234.1|DN230234
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|60356922|gb|DN223895.1|DN223895
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGT
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGT
EST: gi|5566778|gb|AI881644.1|AI881644
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|78023597|gb|DV491984.1|DV491984
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|9254191|gb|BE344659.1|BE344659
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATNNNNNNNNTGCCG
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAA-TGCCG
EST: gi|50324421|gb|CO519547.1|CO519547
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|13558629|gb|BG549985.1|BG549985
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTAAAAAACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|13558270|gb|BG549626.1|BG549626
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|76012388|gb|DT939558.1|DT939558
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|5688522|gb|AI941537.1|AI941537
EST:     CCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATTTGGTGGACCCATGGGAGAATGCCGC
genomic: CCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|60337877|gb|DN204850.1|DN204850
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|45847766|gb|CN071709.1|CN071709
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|84980176|gb|DW530525.1|DW530525
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|17929737|gb|BM266649.1|BM266649
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|16927222|gb|BM080291.1|BM080291
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|4804030|gb|AI665896.1|AI665896
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|211288306|gb|FL055525.1|FL055525
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAAT
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAAT
EST: gi|211286858|gb|FL439209.1|FL439209
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|18176139|gb|BM351201.1|BM351201
EST:     CAGTGGTGGCCAAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|71313635|gb|DR793393.1|DR793393
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGC
EST: gi|113845013|gb|DW956213.1|DW956213
EST:     CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAG                         GTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACGACATGGGAGAATGCCG
genomic: CAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGAC-ACATGGGAGAATGCCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 87

AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGCTTTTTAAGGCCTGTAATTGTGTTGCATAGATTGCTTAGGACATGATGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 47

AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGCTTTTTAAGGCCTGTAATTGTGTTGCATAGATTGCTTAGGACATGATGAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 59

AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGCTTTTTAAGGCCTGTAATTGTGTTGCATAGATTGCTTAGGACATGATGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 78

AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctt ... gttggtgcagGTGGGGGCCGTGGCCGTGGCTAAATCTGGTGGACACATGGGAGAATGCCGCTTTTTAAGGCCTGTAATTGTGTTGCATAGATTGCTTAGGACATGATGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACCTGGAGGCAGAGGCATCGGACGTGGCCAAGATGATGGAGGTAGAGGCAGTGGTGGCCGAGGAAGGGGTGGAGTTGGTGCCAAAGGTGGTAACAAAGgtacatgctttttgtaaccgcttacacatcttttgttgagtcccacacccaatttcaagtgataccaatctgtgggatgctttacttgttggtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG