Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgttcagatatattcctatgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094712_T04
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgtt-cagatatattccta-tgt-
|||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||  |  ||||  | ||||  |  | |     |   ||  |  ||||| | |   |   | |  ||| | |  || ||| |  ||| 
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttg-tggcttgcccat--actttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt

upper sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G08560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgttcagatatattcctatgt-
 || ||| |||||||||||||||| |||||| | ||  |||| || ||||| || |||||  ||||  | ||||| || ||||||||||| || |||||||||||| || || |      |   ||  ||            | |||||       | ||   | |    |   | | ||        || ||  ||| | 
TGTTCGTTTGTTTGTTGCTGATGGGGGTGAATTGCTGGTGGCACAAAGCTATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaaga-acttttaaagcattaaatggagagaatgaagttttttatcagtgccaataagtgaatcgtgcatgttttttgtcccattgaatcttattatttt

upper sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G11520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgttcagatatattcctatgt
  |  | ||||||||||||||||| || |||   ||| | ||||| || || || |||||||||||| | |||||||| || ||||| ||| | ||||||||||||                | |||||    || | |     |||     |  ||    ||  | |  |   ||||   |  | | |  ||  | |  
TATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGCGGAGAATGCCTCGTTGCTCAAAGTTATGCGAAGAACATGGGACTCTATGGAGAACGAGTTGGAGCTCTCAGCATTgtaagaa---------------cctgttg----cattgcaagaaatctatttaagaaacgcgtaagaaattctttctgacata-aaagaagttgttgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32927108|gb|CF031920.1|CF031920
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24764022|gb|CA399191.1|CA399191
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|61118378|gb|DN559339.1|DN559339
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32846387|gb|CD986068.1|CD986068
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24767122|gb|CA402266.1|CA402266
EST:     ACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927251|gb|CF032063.1|CF032063
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32847897|gb|CD987578.1|CD987578
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGGTAGGGTTGAAAGTCAACTTAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927820|gb|CF032632.1|CF032632
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32933760|gb|CF038572.1|CF038572
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|7162311|gb|AW519918.1|AW519918
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGCTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32930089|gb|CF034901.1|CF034901
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32799409|gb|CD951645.1|CD951645
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927942|gb|CF032754.1|CF032754
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32804106|gb|CD956342.1|CD956342
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927133|gb|CF031945.1|CF031945
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927818|gb|CF032630.1|CF032630
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|211187210|gb|FL054032.1|FL054032
EST:     TGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAGAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: TGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32835718|gb|CD975396.1|CD975396
EST:     GCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32804249|gb|CD956485.1|CD956485
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32933150|gb|CF037962.1|CF037962
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24767776|gb|CA402912.1|CA402912
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33095048|gb|CF055042.1|CF055042
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927166|gb|CF031978.1|CF031978
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTGTGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32839101|gb|CD978782.1|CD978782
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32928849|gb|CF033661.1|CF033661
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78080376|gb|DV508788.1|DV508788
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67020983|gb|CO449732.1|CO449732
EST:     TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGCGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|31356146|gb|CD440503.1|CD440503
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78080377|gb|DV508789.1|DV508789
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32866948|gb|CF006630.1|CF006630
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|4874452|gb|AI673972.1|AI673972
EST:     GTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927936|gb|CF032748.1|CF032748
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67039034|gb|CO465289.1|CO465289
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927161|gb|CF031973.1|CF031973
EST:     ATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67016151|gb|CO444900.1|CO444900
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|24764697|gb|CA399860.1|CA399860
EST:     CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTCTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67024830|gb|CO453579.1|CO453579
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|38502478|gb|CF972338.1|CF972338
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32804293|gb|CD956529.1|CD956529
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33102270|gb|CF062230.1|CF062230
EST:     GCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|31352660|gb|CD437017.1|CD437017
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927863|gb|CF032675.1|CF032675
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32803562|gb|CD955798.1|CD955798
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32835738|gb|CD975416.1|CD975416
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927781|gb|CF032593.1|CF032593
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|78027140|gb|DV495527.1|DV495527
EST:     GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927877|gb|CF032689.1|CF032689
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32799014|gb|CD951250.1|CD951250
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32848067|gb|CD987748.1|CD987748
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67030857|gb|CO459606.1|CO459606
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927823|gb|CF032635.1|CF032635
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927046|gb|CF031858.1|CF031858
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32929220|gb|CF034032.1|CF034032
EST:     GAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|88758523|gb|DY542892.1|DY542892
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAGAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927962|gb|CF032774.1|CF032774
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|20507971|gb|BQ279844.1|BQ279844
EST:     GGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|31356689|gb|CD441046.1|CD441046
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927179|gb|CF031991.1|CF031991
EST:     GCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: GCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|67016138|gb|CO444887.1|CO444887
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33100553|gb|CF060513.1|CF060513
EST:     AGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: AGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|74052515|gb|DN591123.1|DN591123
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32826589|gb|CD966267.1|CD966267
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCCTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32933396|gb|CF038208.1|CF038208
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32827202|gb|CD966880.1|CD966880
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|33100547|gb|CF060507.1|CF060507
EST:     CGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: CGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927701|gb|CF032513.1|CF032513
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|149072592|gb|EE286792.2|EE286792
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
EST: gi|32927842|gb|CF032654.1|CF032654
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATT                         GTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagatacc ... tatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgttcagatatattcctatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA