1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
ACTGTTTTCTGCTGCTGGGCTCCCTCACAATGAAATTGCTGCTCAGATTTGTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatgtgttctaacttctaactgcaaccctactggcatgccctcccccttatccaaaaaacatatttttcagtgcacaaacagttgaaaacacat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G094497_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32829975|gb|CD969653.1|CD969653
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32831681|gb|CD971359.1|CD971359
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32910787|gb|CF015599.1|CF015599
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|13125954|gb|BG316629.1|BG316629
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: TGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33101985|gb|CF061945.1|CF061945
genomic: TGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32928560|gb|CF033372.1|CF033372
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32929168|gb|CF033980.1|CF033980
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|31351754|gb|CD436111.1|CD436111
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33094782|gb|CF054776.1|CF054776
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33102163|gb|CF062123.1|CF062123
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|67020067|gb|CO448816.1|CO448816
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32838409|gb|CD978087.1|CD978087
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32850751|gb|CD990432.1|CD990432
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|194716810|gb|FK933969.1|FK933969
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32850726|gb|CD990407.1|CD990407
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|13490658|gb|BG517422.1|BG517422
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33101471|gb|CF061431.1|CF061431
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33102084|gb|CF062044.1|CF062044
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|13125942|gb|BG316617.1|BG316617
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: TGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|211474175|gb|FL062083.1|FL062083
genomic: TGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|32831612|gb|CD971290.1|CD971290
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|33102277|gb|CF062237.1|CF062237
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|13125963|gb|BG316638.1|BG316638
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: ATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGCTGAAEST: gi|13125933|gb|BG316608.1|BG316608
genomic: ATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAG-TGAA
EST: GACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAACEST: gi|31351755|gb|CD436112.1|CD436112
genomic: GACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
EST: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAG GGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
genomic: GTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatg ... taacctgcagGGTGGTGAAGATGACAACTTTGCTATTGTGTTTGCTGCTATGGGAGTGAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTGTTTTCTGCTGCTGGGCTCCCTCACAATGAAATTGCTGCTCAGATTTGTCGTCAGGCTGGTCTTGTGAAGACATTGGAGAAAGGAAAGCATGCTGAGgtagctaatgtgttctaacttctaactgcaaccctactggcatgccctcccccttatccaaaaaacatatttttcagtgcacaaacagttgaaaacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG