Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcactcagtcatccgttgtcacattttgagcaccaatcttctattcccgtgatatgtgcttttgttgggttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G092975_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G092975_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g43570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcact-cagtcatccgttgtcacattttgagcaccaatcttctattcccgtgatatgtgcttttgttgggttcag---------------------
|||||||| |||||||| || ||| | || ||||||||| | |||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || | || |    |   ||     ||  || | ||||  ||   | |   |   ||   ||    |  |                     
GAACCTGAAGAACTCTTTGAGACTATCTCACAAGCTCTGCAGTCATCAGTTGATCGTGATTGCCTCAGTGGTTGGGGAGGCTTTGTTCTGCTTGTgtaagttcacttcactaattcaagattggatgagtggcttcatttttct--tctgttaaacagcttttgaattaaaatacgttatgcaccattattttatct
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50328691|gb|CO523817.1|CO523817
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACCCCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|37377268|gb|CF625223.1|CF625223
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTTTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|37378530|gb|CF625957.1|CF625957
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|5740551|gb|AI948241.1|AI948241
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCGGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|4887391|gb|AI677490.1|AI677490
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|211071940|gb|FL305347.1|FL305347
EST:     ATAGACCGTGACTGCCTTAGGCGGGTGGGGGTGGCTATNGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAA
genomic: ATAGACCGTGACTGCCTTAGT-GGGTGGGG-TGGCTAT-GTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAA-GTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAA
EST: gi|211071943|gb|FL305350.1|FL305350
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATT
EST: gi|18964243|gb|BM660894.1|BM660894
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|113580265|gb|DW745305.1|DW745305
EST:     GTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: GTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|113703164|gb|EE680668.1|EE680668
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|50328692|gb|CO523818.1|CO523818
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|71329112|gb|DR801265.1|DR801265
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACCCCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|67017133|gb|CO445882.1|CO445882
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|211441232|gb|FL038101.1|FL038101
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|148965852|gb|EE016749.2|EE016749
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|78180178|gb|DV550551.1|DV550551
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|148965851|gb|EE016748.2|EE016748
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|32941156|gb|CF045975.1|CF045975
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|71329114|gb|DR801266.1|DR801266
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|71759696|gb|DR957633.1|DR957633
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|4573353|gb|AI586912.1|AI586912
EST:     CAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGAAGAAGAATATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: CAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGC-TATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|113701140|gb|EE678644.1|EE678644
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|67016388|gb|CO445137.1|CO445137
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|67022320|gb|CO451069.1|CO451069
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|67041562|gb|CO467817.1|CO467817
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTANCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|5932630|gb|AW056991.1|AW056991
EST:     TCAATAGACCGGGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|91877573|gb|EB407530.1|EB407530
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|50323661|gb|CO518787.1|CO518787
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|67028880|gb|CO457629.1|CO457629
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTANAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|37380700|gb|CF627177.1|CF627177
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|71438822|gb|DR819872.1|DR819872
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|76909375|gb|DV163351.1|DV163351
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|71303012|gb|DR787617.1|DR787617
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|148973855|gb|EE024997.2|EE024997
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|37393439|gb|CF633984.1|CF633984
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|40336492|gb|CK370562.1|CK370562
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|32848601|gb|CD988282.1|CD988282
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|78107042|gb|DV525460.1|DV525460
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|148973856|gb|EE024998.2|EE024998
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|50323660|gb|CO518786.1|CO518786
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACCCCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|88750610|gb|DY534751.1|DY534751
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|116823354|gb|EC866875.1|EC866875
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGCGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
EST: gi|37381438|gb|CF627606.1|CF627606
EST:     TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGT                         GACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT
genomic: TCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 398

GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAATCATGGCCACTATCACTATAATTCTTAGCTGGTTTCCAATGCTTAGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 434

GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAATCATGGCCACTATCACTATAATTCTTAGCTGGTTTCCAATGCTTAGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 502

GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAATCATGGCCACTATCACTATAATTCTTAGCTGGTTTCCAATGCTTAGACCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 308

GAACCTGATGAACTCTTCGAAACTGTATCCCAAGCTCTGAATTCATCAATAGACCGTGACTGCCTTAGTGGGTGGGGTGGCTATGTTCTGATTGTgtaagttcac ... ttgggttcagGACACCGACTGAAGTGAGGGAGCATGTGATTAAGAGCAGGATGGACTAAATCATGGCCACTATCACTATAATTCTTAGCTGGTTTCCAATGCTTAGACCA