Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtattattccttttagactgtttgcaatttatgttccttgagaacaggcttcagttcattcagcgggagttagagttatctttggaattactgaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtattattccttttagactgtttgcaatttatgttccttgagaacaggcttcagttcattcagcgggagttagagttatctttggaattactgaaa--
|| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||| ||||          ||     | || |     |     |         | |||   ||||  | | | | |   || | |  ||    |    | ||  
TTATGCCGATCCAGAGGTTATAATTGGTTGTGAGGATGGTAGAGCATTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCAAGCATCTACCGgtgagtacacagaaacataa--catatgaatacggttcctttcagttgtttgattcttatcatcaaactgcaatataagctttagttcacttctgaggaatt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|211348374|gb|FL045514.1|FL045514
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|211348372|gb|FL045512.1|FL045512
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|76011998|gb|DT939168.1|DT939168
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGNGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|7216529|gb|AW562651.1|AW562651
EST:     GTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: GTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG                         GCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT
genomic: CGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCGgtaagtatta ... tgtactacagGCTTCACTCCTCTCCTGTGACATGTTTGATGATAACGGATGACCAGCTGAT