Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgcaaatgcaatgtgccttttgcacccatcaagcagcatcaatgccatgctatgaacattttattatccagtgcttgattcctatctgtttaatgtggtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079256_T02
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079256_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g10600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgcaa-atgcaatgtgc-cttttgcacccatcaagcagcatcaatgccatgctatgaacattttattatccagtgctt---gattcctatct---gtttaatgtggtag----------
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||  ||||  | |   |  |   ||     ||     |    ||       | ||  | |   || | |  | ||      |||| | |    |  |||| ||              
GTTAAAGCAAACAAAAGGTATGCTGGATCTTCAAACTGGACTGTTAAGgtaagctgcagtatgccttttttgccatattacttggaaatagatacttgtgaaccatgaggattactaatttgtacgatcctcccaagttccaacccaaggcctaatctgtctttatttcatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60345537|gb|DN212510.1|DN212510
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|31356068|gb|CD440425.1|CD440425
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32907240|gb|CF012053.1|CF012053
EST:     GTTAAAGCACACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAA                         GAAGTTGTTGAGA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGA
EST: gi|78076466|gb|DV504900.1|DV504900
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCTTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32908286|gb|CF013099.1|CF013099
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGA
EST: gi|67011703|gb|CO440452.1|CO440452
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|87156317|gb|DY401106.1|DY401106
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     GCTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGNAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         C
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtag-
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     GCTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGNAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         C
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtag-
EST: gi|71332949|gb|DR803501.1|DR803501
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCTTGTA
EST: gi|211314447|gb|FL116841.1|FL116841
EST:     AAAGCAAACNAAAAGAAATGCTGGGAGCTTCAAACTGGACCTGGTTAAAG                         GAAGTTGTTGA
genomic: AAAGCAAAC-AAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGAC-TG-TTAA-Ggttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGA
EST: gi|22819573|gb|BU499663.1|BU499663
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
EST: gi|211312415|gb|FL116823.1|FL116823
EST:     GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG                         GAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT
genomic: GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgca ... aatgtggtagGAAGTTGTTGAGACTGTAAAGAATGACTTTGGTAGCATTGATATCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAGgttagttgcaaatgcaatgtgccttttgcacccatcaagcagcatcaatgccatgctatgaacattttattatccagtgcttgattcctatctgtttaatgtggtag

- - AAGCAA
- - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - -  GAGCTT