Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACGTATACACGATGGACTCAAATACCAATGACAAGGATGCTCCAGTTTTTCATGATAACCCTTATTGCAAGGCATTAAACAGTGCTAAGGACATTCAATgtaagattcagcaatactagatagactgtggcactaatatagctctctaatagttacagaaacgaatcattatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G078576_T01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G078576_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g56630.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
AACGTATACACGATGGACTCAAATACCAATGACAAGGATGCTCCAGTTTTTCATGATAACCCTTATTGCAAGGCATTAAACAGTGCTAAGGACATTCAATgtaagat---------------------tcagcaatact--------agatagactgtggcactaatatagctctctaatagttacagaaacgaatcattatgtag
|| || ||||| |  || | ||||||||||| ||||||||| || | |||||||||||| || |||| |||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||                     | | |   ||         | | | ||||  | |||  ||||| || |||| |   ||| ||| |||  ||  || ||
AATGTCTACACAAGCGATTTAAATACCAATGTCAAGGATGCACCGGCTTTTCATGATAATCCATATTACAAGGCCTTAAGCAATGCCAAAGACAGTCAATgtaagatgctcctgtcatttgcaaggaattaactgcacctgtcgtacaaagaaactgcagtactcgtatagatcactaacaa--acataaatgaactatgctgcag